Кронштадт был многопартийным, — там на равных взаимодействовали большевики, левые эсеры и анархисты, — а вожди большевизма целенаправленно вели дело к диктатуре одной партии. Кронштадт проповедовал приоритет местной власти, а они выстраивали жесткую властную вертикаль, отводя местным Советам роль послушных исполнителей воли всесильного Центра. Наконец, самым главным раздражителем для Кронштадта было то, что Советы — символ народовластия, под знаменем которых они делали революцию и воевали на Гражданской войне, постепенно теряли свою роль, возвышалась партийная аристократия. Лозунги «Долой комиссарократию!», «Власть Советам, а не партиям!» — звучали в это время почти на каждом собрании моряков. Те самые люди, которые брали Зимний дворец и арестовывали Временное правительство, с оружием в руках устанавливали большевистскую власть в Москве и разгоняли Учредительное собрание, которых Лев Троцкий называл «гордостью и славой русской революции», теперь считали, что комиссары их предали.

1 марта в Кронштадт прибыли председатель ВЦИКа М.И. Калинин и комиссар Балтфлота Николай Кузьмин, которые пытались отговорить матросов от политических требований. Но, похоже, решение в отношении мятежных моряков уже было принято, церемониться с ними не собирались. Революция вновь требовала человеческих жертв.

Первый штурм крепость отбила, второй же оказался успешным и сопровождался тяжелыми боями за каждый дом и тяжелыми потерями с обеих сторон, причем есть свидетельства большевиков о том, что такого ожесточенного сопротивления они не встречали прежде.

Поэт Николай Оцуп вспоминал: «Помню жестокие дни после кронштадтского восстания… Казалось, время словно повернуло вспять. …Гумилев сидит на ковре, озаренный пламенем печки, я против него тоже на ковре… Мы стараемся не говорить о происходящем — было что-то трагически обреченное в кронштадтском движении, как в сопротивлении юнкеров в октябре 1917 года». Да, времена изменились: тогда матросы убивали юнкеров и кадетов, теперь моряков расстреливали красные курсанты. Но не все согласились стать карателями: большинство курсантов Училища командного состава Морских Сил (бывшего Морского кадетского корпуса) отказалась выступить против кронштадтцев.

Раскольников вместе со свои старым знакомцем П.Е. Дыбенко участвовал в подавлении Кронштадтского восстания, несколько десятков смертных приговоров, вынесенных Дыбенко, исполнил лично. Очевидцы утверждают: Федор Федорович в это время сильно пил, и то и дело цитировал Достоевского. Дыбенко написал рапорт о его отзыве, и Троцкому пришлось к этому рапорту прислушаться: состояние Раскольникова начало внушать опасения и ему самому.

На подавление Кронштадтского мятежа был брошен бывший лейб-гвардеец Семеновского полка, блестящий молодой Михаил Тухачевский. Не прошло и двух недель, как восстание было утоплено в крови. Примерно восьми тысячам мятежников удалось по льду уйти в Финляндию. Точные потери штурмовавшей армии были обнародованы только в 1990 году — 3120 человек, в том числе 1912 человек убитыми. Потери кронштадтцев неизвестны. Но можно предположить, что они составили не менее 5–6 тыс. Раненых не щадили, пленных не брали. Репрессии начались немедленно. 2103 человек казнили по решениям ЧК и ревтрибуналов, 6458 человек приговорили к разным срокам заключения. Об особенностях характера Тухачевского вспоминал французский офицер Реми Рур, с которым тот познакомился в германском плену: «Не то что бы он был жестоким — просто он не имел жалости».