С момента образования правительственной коалиции взаимоотношения представителей двух партий в СНК были конфликтными. Н.П. Горбунов, секретарь СНК, в своих воспоминаниях отмечал, что политике большевиков в Совнаркоме левые эсеры «противопоставляли свою принципиальную установку». Они по-своему понимали, что такое трудовой народ. Это не мелкобуржуазное крестьянство с поводырем-пролетариатом, а самодостаточный крестьянин, кормящийся трудом рук своих и плодами земли, развитой квалифицированный рабочий и трудовая интеллигенция, которая также не пользуется наемным трудом. Не издевательски звучащая «прослойка», как определяли интеллигенцию марксисты, не «г… нации» как называл ее Ленин, а равноправная триада трудового народа. По воспоминаниям большевика Г. И. Оппокова (А. Ломова) в правительстве левые эсеры «изводили» Ленина «своими высокопарламентскими сравнениями и речами».

После ратификации мирного договора с Германией, в период с 18 по 23 марта 1918 года все левые эсеры-наркомы подали заявления об отставке со своих постов.

«Военный заговор» всюду мерещился большевикам, и Ленин, опасаясь влияния Муравьева в столичном гарнизоне, быстро нашел ему «архиважное задание», исполняя которое Муравьев мог сломать себе шею — подавлять на Волге контрреволюционные выступления восставших чехословаков. Одновременно Муравьев удалялся подальше от столицы, чтобы оставить левых эсеров без их главного «военного козыря».

Со всеми этими ранее широко известными, а ныне забытыми российскими политическими деятелями Маруся была либо в деловых, либо в товарищеских отношениях. Они глубоко уважали ее и безоглядно верили своему нервному, хрупкому, но такому стойкому и отважному вождю.

Брестский мир и июльский «мятеж»

В конце февраля Спиридонова участвовала в ряде заседаний ВЦИК, ЦК ПЛСР, а также объединенных заседаний последнего с ЦК РСДРП(б) по вопросу о подписании Брестского мира. Ее позиция в этом вопросе совпадала с точкой зрения той части большевистского ЦК, которая поддерживала Ленина. Спиридонова полагала, что сепаратный мир пойдет на пользу мировой революции, так как «заставит массы прозреть».

Для большинства советских людей упоминание о разногласиях в среде большевиков звучат кощунственно. Они всегда представлялись неким монолитом людей и мнений, для которых не существовало иной точки зрения, кроме ленинской. На самом деле «левые коммунисты», такие как глава ВЧК Ф. Дзержинский, главный идеолог партии Н. Бухарин и другие видные представители большевистской партии, выступали за революционную войну с Германией и были готовы сместить Ленина. В окружении «железного Феликса» четко просматривался англо-французский след, а Антанта проявляла крайнюю заинтересованность в продолжение войны между Россией и Германией. Второй человек в то время после Ленина, Лев Троцкий, открыто выражал готовность принять военную помощь Антанты против Германии. Как представитель «финансового интернационала» в России, он энергично продвигал идею военно-политического союза с Антантой.

Многие партийные организации были против заключения мира, требовали формировать Красную армию и вести революционную войны в надежде на помощь поднимающегося всемирного пролетариата. Партия вышла из повиновения. Ленин остался в меньшинстве. Изобретательный Троцкий придумал формулу, которую предложил Ленину: «войну прекращаем, армию демобилизуем, но мира не подписываем. Если немцы не смогут двинуть против нас войска, это будет означать, что мы одержали огромную победу Если они еще смогут ударить, мы всегда успеем капитулировать».

Ленину пришлось буквально выкручивать товарищам руки, уговаривая принять тяжелейшие условия мира.