Ленину пришлось буквально выкручивать товарищам руки, уговаривая принять тяжелейшие условия мира.

Немцы предъявили жесткие условия: линия фронта становится границей между Германией и Россией, то есть большая часть Латвии, Литвы, Польши и Белоруссии остаются под контролем Германии… При этом даже мнения большевиков разделились. Ленин был готов подписать мир на любых условиях. Троцкий не соглашался отдать немцам немалую часть России. Председатель ВЧК Феликс Дзержинский заявил, что подписание мира — полная капитуляция. Моисей Урицкий, председатель Петроградской ЧК, назвал этот мир «похабным».

Один из военных консультантов на переговорах в Брест-Литовске генерал Владимир Скалон, назначенный главой комиссии по перемирию, совершил самоубийство: во время частного совещания: он вышел в отведенную ему комнату якобы за картой и, встав перед зеркалом, застрелился. Немцы отнеслись к покойному с большим уважением. На следующий день генерал Гофман открыл переговоры, выразив соболезнования по поводу трагической гибели русского генерала. В воспоминаниях Бонч-Бруевича причиной самоубийства Скалона прямо называется душевная травма, нанесенная заносчивыми требованиями и наглым поведением немецких генералов.

По мнению члена комиссии подполковника Фокке, Скалон, как и другие русские офицеры, был подавлен из-за унизительного поражения, развала армии и падения страны. Так же истолковали самоубийство и немцы: генерал Самойло вспоминал, что на следующий день после трагедии генерал Гофман приветствовал его словами: «А! Значит, вы назначены замещать бедного Скалона, которого уходили ваши большевики! Не вынес, бедняга, позора своей страны! Крепитесь и вы!»

Тем не менее, несмотря на сопротивление «левых коммунистов» и левых эсеров, обвинявших большевиков в измене мировой революции и предательстве национальных интересов, договор был ратифицирован 15 марта 1918 года IV Чрезвычайным съездом Советов. Ленин оказался в сложном положении. Условия позорного мира еще раз подтверждали слухи о его подозрительных связях с Германией. Сейчас ему особенно важно было получить поддержку левых эсеров. Легче всего этого можно было достичь через все еще находившуюся под обаянием ленинской харизмы Спиридонову. Примечательно, что на переговорах о Брестском мире присутствовала Анастасия Биценко, которая весьма не понравилась немецкой стороне.

Маруся с тревогой наблюдала, как по мере укрепления своего положения, большевики начинают менять курс на установление однопартийного режима. Кроме того, политика ленинцев кардинально расходилась с укоренившимися в среде революционеров идеалами либерализма и демократии. Но Спиридонову всегда отличала верность — идеям, убеждениям, людям — она доверяла Ленину и все еще пыталась найти оправдание своим временным союзникам. «Мир был подписан не нами и не большевиками: он был подписан нуждой, голодом, нежеланием всего народа — измученного, усталого — воевать, И кто из нас скажет, что ПЛСР, представляй она одна власть, поступила бы иначе, чем поступила партия большевиков?» Входя в комиссию по организации 2-го съезда ПЛСР и в его президиум, она 19 апреля выступила с докладом, в котором, полемизируя с другим лидером партии, Борисом Камковым, призвала левых эсеров разделить с большевиками ответственность за Брестский мир.

Спиридонова часто встречалась с Лениным, однако эти встречи приводили к все большему неприятию позиции вождя. И все же Маруся позже всех лидеров левых эсеров порвала с ленинцами. Наступившее разочарование в большевистской власти она не собиралась скрывать. Последней каплей стали декреты ВЦИК в мае-июне 1918 года (О продовольственной диктатуре, о комбедах, о смертной казни). Спиридонова обвинила большевистский ЦК в подмене «социализации» земли «национализацией», в организации продотрядов и насаждении комбедов. Продолжая сотрудничество с большевиками, она, в то же время, вела с ними дискуссию о дальнейших путях преобразования революционной России.