Слушатели академии овладевали навыками организации и ведения армейской и фронтовой операций, знакомились с теоретическим курсом стратегии. Значительная часть времени отводилась методике разработки оперативных задач, проведения военных игр и командно-штабных учений в поле со средствами связи. На занятиях с докладами выступали Маршалы Советского Союза М. Н. Тухачевский, А. И. Егоров, командарм 2-го ранга Я. И. Алкснис. Командующие военными округами И. П. Уборевич и И. Э. Якир провели показные игры на темы «Прорыв подготовленной обороны» и «Ввод в сражение механизированного корпуса».

1 июня слушателям академии был предоставлен летний отпуск. Затем их направили на двухнедельную войсковую стажировку на корабли Военно-Морского Флота. Василевский был отправлен на Балтийский флот. После стажировки слушатели участвовали в штабном учении со средствами связи, проведенном на территории Украинского военного округа с целью практической отработки фронтовой и армейской наступательных операций. На этом и завершилась учеба Василевского в академии. «Одной из причин этого явились имевшие место в стране, в том числе и в Вооруженных Силах, нарушения ленинских норм партийной и государственной жизни и социалистической законности, — пишет Александр Михайлович, — совершенно необоснованные репрессии, в результате которых часть командно-политического и особенно руководящего состава Вооруженных Сил, преподавателей и слушателей академий была арестована. В связи с этим в Вооруженных Силах последовала серия быстрых назначений и перемещений. Свыше 30 слушателей нашей Академии первого набора были направлены на различные, порою довольно высокие командные и штабные должности. Продолжала учение лишь половина, а окончила его — четверть набора».

А. М. Василевский весьма скромно, не драматизируя, оценивает репрессии, захлестнувшие армию и флот. Всего в июне — ноябре 1937 г. армия потеряла не в бою, а по злой воле Сталина и его приближенных 15 140 командиров и политработников, в том числе 5 командующих войсками военных округов, 22 командира корпуса, 70 командиров дивизий и бригад. Аресту и расстрелу подверглись многие из тех, с кем А. М. Василевскому приходилось встречаться по делам службы. Среди них — П. Е. Дыбенко, Н. В. Куйбышев, Д. А. Кучинский, А. Я. Лапин (Лапиньш), Н. И. Муралов, А. М. Перемытов, А. И. Седякин, И. С. Уншлихт, Г. Д. Хаханьян и др. Бывший начальник Штаба РККА, а затем Генштаба маршал А. И. Егоров умер в тюрьме.

В своих мемуарах А. М. Василевский не говорит о том, подвергался ли он аресту или преследованию. П. Ф. Белов, автор книги «Маршал Василевский: Честь и верность», приводит запись беседы с адъютантом маршала полковником М. И. Сорокиным.

— Товарищ полковник… Маршалу довелось общаться по службе с Тухачевским, Уборевичем, Корком, с другими известными военачальниками — мнимыми врагами народа… Да и происхождение — поповское… Не может быть, чтобы и над ним угроза не нависала…

— Что с вами сделаешь, вы земляки маршала, — после некоторого раздумья сказал Сорокин. — Да, тучи сгущались. Но кто-то Александра Михайловича предупредил. Он — к Шапошникову, которого знал с двадцать седьмого года, когда был командиром полка, а Борис Михайлович командовал войсками Московского округа.