В условиях военного поражения «дворовое» правительство ввело в жизнь чрезвычайные меры с целью покрытия военных расходов и поддержания дворянского ополчения. Собор, созванный в Москве в январе 1580 г., утвердил приговор о церковных землях. Приговор воспрещал духовенству приобретать новые земли и одновременно предусматривал возможность полного отчуждения у монастырей всех княжеских вотчин, когда бы то ни было перешедших в их владение: «…а которые покупали княженецкие вотчины, и те вотчины взяти на государя, а в деньгах ведает Бог да государь».

Наследие удельного времени — обломки вотчинного землевладения суздальской и прочей знати — давно было предметом вожделения казны. В годы опричнины княжеское землевладение пережило подлинную катастрофу, которая привела к неслыханному обогащению монастырей, прибравших к рукам земли опальных. «Дворовое» правительство не хотело допустить возврата земель к старым землевладельцам и с этой целью воспретило вотчинникам выкупать у церкви родовые земли. Подобная уступка духовенству носила преимущественно декларативный характер, поскольку она не распространялась на самую ценную категорию земель — княжеские вотчины, на которые претендовала казна. Антимонастырские меры, провозглашенные «дворовым» правительством, в конечном счете должны были способствовать расширению поместного фонда земель и тем самым поддержанию скудеющего дворянства.

В обстановке военного поражения власти осуществили чрезвычайные финансовые меры с целью изыскания средств на войну. Они обложили дополнительными поборами всю «землю», в особенности черносошные (государственные) земли Севера и Поморья. Крупные суммы были взысканы с городов и купечества. Одна только английская купеческая компания должна была заплатить в несколько приемов 2000 рублей.

Описанные финансовые меры затронули все слои населения. Усиление налогового бремени оказало пагубное влияние на экономику страны, переживавшую кризис. Истоки кризиса второй половины XVI в. обычно связывают с ростом податей, опричниной и войной, а его основные признаки усматривают в длительном и катастрофическом сокращении посевных площадей, обнищании крестьян, убыли сельского и городского населения. Предполагается, что признаки упадка накапливались постепенно на протяжении двух десятилетий, пока в начале 80-х годов наконец не наступила разруха. При таком взгляде на ход кризиса не учитывается один важный факт, ускользавший до сих пор из поля зрения исследователей.

Известно, что в начале XVII в. экономика страны была подорвана трехлетним голодом 1601–1603 гг. Сходное происхождение имело и «великое разорение» 70–80-х годов, у которого также существовал свой порог — трехлетний голод и чума 1569–1571 гг. Последствия опричного погрома не шли ни в какое сравнение с грандиозными стихийными бедствиями, но так вышло, что казни и голод достигли апогея одновременно. При обычных условиях населению потребовалось бы для восстановления производства одно-два десятилетия. Но шла война, государство облагало податные сословия усиленными поборами, и в итоге налоги стали главным фактором дальнейшего упадка экономики, охватившего и сельское, и городское население.

От разорения более всего пострадали города Центра и Северо-Запада. Население Москвы сократилось втрое. Обезлюдели сельские местности. На протяжении сотен верст путешественники встречали лишь заброшенные деревни. Крестьяне уходили на окраины. Те, кто оставался в насиженных местах, сокращали запашку, чтобы избежать разорительных государевых податей. На единицу тяглового обложения — обжу — в старину приходилось от одного до трех крестьянских дворов, в годы разорения — от четырех до восьми и более. Экстренные поборы последних военных лет оказались для крестьянина с крохотным наделом вовсе непосильными.