Сколь бы «беззлобливой» ни была царица, она не осталась в стороне от конфликта между ее братьями Захарьиными и Сильвестром. Впрочем, все ее усилия помочь братьям не привели к успеху. Вплоть до кончины Анастасии Сильвестр сохранял влияние на царя, тогда как Захарьины отступили в тень.

Перемены, происшедшие после смерти Анастасии, связаны были с внешними обстоятельствами, с разрастанием политического кризиса. Однако современники сочли возможным связать эти перемены с переменами в царской семье. В «Хронографе 1617 года» можно прочесть, что после кончины Романовой царь сильно переменился, «превратился многомудренный его ум на нрав яр».

Отношения супругов нельзя назвать безоблачными, особенно к концу жизни царицы. Много лет спустя, когда Курбский упрекнул Ивана в безнравственности, тот ответил откровенно и просто: «Буде молвишь, что яз о том не терпел и чистоты не сохранил, ино вси есмя человецы». Молва о предосудительном поведении царя проникла в летописи. «Умершей убо царице Анастасии, — записал летописец, — нача царь яр быти и прелюбодействен зело». И все-таки царь был привязан к первой жене и всю жизнь вспоминал о ней с любовью и сожалением. На похоронах ее Иван рыдал и «от великого стенания и от жалости сердца» едва держался на ногах. Неделю спустя после смерти Анастасии Макарий и епископы обратились к царю с неожиданным ходатайством. Они просили, чтобы царь отложил скорбь и «для крестиянские надежи женился ранее, а себе бы нужи не наводил». За заботами о нравственности Ивана скрывался политический расчет. При дворе было много людей, недовольных засильем Захарьиных. Все они надеялись на то, что родня новой царицы вытеснит из дворца Захарьиных, родню умершей Анастасии.

Второй брак Грозного был скоропалительным. Не добившись успеха в Польше и Швеции, царские дипломаты привезли царю невесту из Кабарды. Невеста — княжна Кученей, дочь кабардинского князя Темир-Гуки, — была очень молода. Иван «смотрел» черкешенку на своем дворе и, как сказано в официальной летописи, «полубил ее». Кученей перешла в православие и приняла имя Мария. Три дня в Кремле продолжался брачный пир. Все это время жителям столицы и иностранцам под страхом наказания было запрещено покидать свои дворы. Власти боялись, как бы чернь не омрачила свадебного веселья. Все помнили о том, что произошло в столице в 1547 г. после первой царской свадьбы.

Сначала Мария, не зная ни слова по-русски, не понимала того, что говорил ей муж. Но потом она выучила язык и даже подавала царю кое-какие советы (об учреждении стражи наподобие той, которая была у горских князей, и пр.). Мария Черкасская родила царю сына, нареченного Василием. Но сын умер в младенчестве.

Ходили слухи об отравлении Марии Черкасской. Но эти слухи легендарны. Перед кончиной Мария в 1569 г. ездила с мужем в Вологду и там заболела. Известия о «заговоре» в Новгороде принудили Ивана поспешить в Москву. Больную жену он доверил везти за собой боярину Басманову. Путь был труден и долог. Больную Марию привезли «по наказу» в Александровскую слободу, где она вскоре и умерла.

Еще до свадьбы с Черкасской Иван IV затеял сватовство к одной из сестер польского короля. Приданым принцессы должна была стать Ливония. Но этот проект был отклонен поляками. Русские послы, ездившие в Польшу в 1560 г., вернулись ни с чем.

В 1567 г. шведский король Эрик XIV, добивавшийся заключения союзного договора с Россией, вознамерился выдать замуж за царя Екатерину Ягеллон. Эта идея воодушевила Грозного. Но ее осуществление натолкнулось на большие препятствия. У Екатерины был муж герцог Юхан, младший брат шведского короля, а у Грозного — законная жена Мария. Брак с Кученей, по всей видимости, не удовлетворял самодержца.