Упрямство Федора, его отказ развестись с Ириной ставили думу в трудное положение. Главный регент Шуйский и дума обязаны были позаботиться о том, чтобы царь имел законного и принятого народом наследника. Бояре исчерпали все легальные средства и рано или поздно должны были вспомнить о младшем сыне Грозного.

Столкновение между Боярской думой и слабоумным самодержцем вызвало кризис, быть может, самый серьезный со времени опричнины. Через своих многочисленных клиентов бояре старались сформировать неблагоприятное для царской семьи общественное мнение. Никогда еще на Руси не слышно было столько непотребных толков о великом государе и царице. Клевету распространяли враги Годунова. Им надо было очернить помазанника Божьего в глазах народа, доказать, что «дурак» не может добиться повиновения даже от своих ближайших родственников и придворных. Толки о скандалах в царской семье готовили почву для переворота. Достаточно было на несколько часов изолировать юродивого царя от его окружения — Годунова и его родни, — чтобы учредить над самодержцем законную опеку.

Кризис достиг высшей точки, и власти пустили в ход репрессии. 13 октября 1586 г. митрополит Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и сослан в Хутынский монастырь в Новгороде. Его «собеседника» архиепископа Крутицкого Варлаама Пушкина заточили в новгородский Антониев монастырь. Опальные церковники получили возможность продолжать свои «беседы» в тиши и уединении.

Вслед за тем Годуновы обрушили удар на Боярскую думу. В январе 1587 г. Посольский приказ через своих представителей за рубежом официально уведомил королевский двор о том, что царь отослал боярина Андрея Шуйского в деревню, а «опалы на него никоторые не положил», что боярин повинен в «воровстве» — «к бездельником приставал», а с ним вместе «поворовали были, не в свойское дело вступилися, к бездельником пристали» московские «торговые мужики».

Наказанию на первых порах подвергся один Андрей.

Но заявлению русских послов, Василий, Дмитрий, Александр и Иван Шуйские «находятся в Москве», а боярин Иван Петрович «поехал к себе в свою отчину». Борис явно желал скрыть от поляков факт ссылки знаменитого воеводы.

Московское население в лице торговых мужиков вступилось не в свое дело — иначе говоря, не только поддержало ходатайство о разводе государя, но и учинило смуту в столице. Власти официально признали князя Андрея повинным в мятеже — «воровстве». Такого рода обвинения следует сопоставить с глухими упоминаниями источников о попытках Андрея Шуйского спровоцировать нападение черни на подворье Годуновых.

Князь Андрей пошел в своего деда — князя Андрея Михайловича. Его отличала склонность к авантюре и риску. Но, кроме того, он был храбрым воином.

Беспорядки в столице произошли в сентябре — октябре. Брат князя Андрея Василий с весны 1585 и до осени 1586 г. находился на воеводстве в Смоленске. Ранее 15 октября он был сведен с воеводства и отозван в столицу.

В конце 1586 г. в Москве пролилась кровь. По приказу властей шесть купцов, главных сообщников князя Андрея, были обезглавлены «на Пожаре» у стен Кремля. В их числе были Федор Нагой, Голуб, Русин Синеус. Многих посадских людей подвергли пыткам, а затем отправили в ссылку в Сибирь.

Описанные казни послужили отправной точкой длительного розыска. Не позднее весны 1587 г. власти отдали приказ об аресте Шуйских. Пока что речь шла о «малой опале». В июне 1587 г.