Против имени Замыцкого имеется помета «у Шуйских», против имени Львова — «у колодников, в Галич». Князей Дмитрия и Ивана оставили в селе Шуя. В дворовом списке конца 1588 г. имеются пометы о посылке приставов (Замыцкого, Окинфова, Вырубова) к арестованным Шуйским.

В том же списке против имени дворянина Федора Жеребцова сделана помета: «У Афанасия у Нагово». Очевидно, Нагой оказался под стражей одновременно с Шуйскими, и скорее всего по одному с ними делу. В декабре 1588 г.

Афанасий сделал вклад в Троице-Сергиев монастырь «по сыне Петре». Сына арестовали и отправили в Антониев-Сийский монастырь. В начале 1589 г. власти распорядились усилить надзор за Петром, «приставить к нему приставов и никого не пускать к нему в келью».

Слухи об опалах в России широко распространились в Польше, и Борис счел необходимым опровергнуть их. Посольский приказ выступил с новыми разъяснениями по поводу Шуйских. «…Князь Ондрей Шуйской с братьею, — заявили московские послы, — учали перед государем измену делать, неправду и умышлять с торговыми мужики на всякое лихо, а князь Иван Петрович, им потакаючи, к ним же пристал, и неправды многие показал перед государем».

В чем именно состояли «неправды» и «измена» Шуйских и их приверженцев — «мужиков»? Обвинения включали, по-видимому, несколько пунктов: «злодейскую» попытку вмешаться в семейную жизнь великого государя и навязать ему развод, тайные сношения князей Шуйских с польским королем, сговор бояр с Нагими.

Со времен опричнины обвинения крамольных бояр в намерении «предаться» польскому королю стали традиционными. В отношении Ивана Шуйского обвинения такого рода поражали своей нелепостью. Именно Иван Шуйский отразил нападение Батория на Псков и стяжал славу героя войны с Польшей.

Борис Годунов не посмел преследовать вдову-царицу Марию Нагую, но всеми мерами старался укоренить в обществе взгляд на царевича Дмитрия как на незаконнорожденного. По воле отца царевич получил во владение Угличское удельное княжество. Стараниями Годунова его права на удел были ограничены и почти упразднены.

Афанасий Нагой был величайшим мастером политических интриг. Он готов был пустить в ход все возможные средства, чтобы доставить трон Дмитрию. Нагие и Шуйские принадлежали к противоположным полюсам политической жизни, но их объединяла вражда к правителю.

Оказавшись в изоляции, Годунов прибегнул к насильственным действиям. По замечанию В. О. Ключевского, современники верно понимали затруднительное положение Бориса при царе Федоре: оно побуждало бить, чтобы не быть побитым.

Джером Горсей был поражен переменами, когда явился в Москву в 1586 г. «Я был огорчен, — писал англичанин, — увидев, какую ненависть возбудил в сердцах и во мнении большинства князь-правитель, которым его жестокости и лицемерие казались чрезмерными».

Сослав Шуйских в деревню, Борис приказал следить за каждым их шагом. Регент Иван Петрович Шуйский из Кинешмы был переведен в суздальскую вотчину — село Лопатниче. Не позднее весны 1587 г. боярин ездил к вдове царевича Ивана Ивановича в Покровский монастырь в Суздале. Вскоре старица посетила Шуйского в Лопатниче.

Борис заподозрил неладное и отрядил в Суздаль бывших опричников — боярина князя Дмитрия Хворостинина и казначея Дмитрия Черемисинова. Они провели розыск в монастыре.