У мятежников не было ни опытных воевод, ни польских наемников. Их войско возглавил сотник Истома Пашков из Епифани. У Шуйского были внушительные силы, собранные в Москве для похода против турок. Его армия включала «от пятидесяти до шестидесяти тысяч человек и всех иноземцев».

Следуя традиции, царь Василий должен был бы вверить командование полками главе думы Мстиславскому и другим старшим боярам. Но он не доверял Мстиславскому и поставил во главе армии князя Ивана Воротынского.

Главные военные действия развернулись у стен Кром и Ельца, оказавшихся в руках мятежников. Готовясь к наступлению на Азов, Лжедмитрий сосредоточил в Ельце крупные военные запасы. Они попали в распоряжение Пашкова.

Как значится в Разрядных записях, главный воевода князь Иван Воротынский наголову разгромил войско Пашкова у стен Ельца. «А как воровских людей под Ельцом побили, — значится в Разрядах, — и к боярам и к воеводам князю Ивану Михайловичу Воротынскому приезжал стольник князь Борис Ондреевич Хилков».

Путивль направил в помощь мятежному гарнизону Кром Болотникова. Воевода Михаил Нагой перехватил его и разбил. Болотников не оправдал надежд, которые возлагал на него самборский самозванец. Он понес поражение до того, как воеводы подтянули к Кромам свои главные силы.

4 сентября 1606 г. Маржарет, будучи в Архангельске, получил из Москвы сведения о поражении повстанческих войск на всех направлениях. До Архангельска вести дошли с запозданием по крайней мере на месяц. А это значит, что воеводы разгромили мятежников в конце июля или начале августа.

Разгромив повстанцев, царь Василий имел возможность направить армию к Путивлю, главной базе восстания. Но в Путивле имелась каменная крепость, взять которую без осадной артиллерии было невозможно. Доставка пушек и провианта через охваченную мятежом местность была затруднена.

Шуйский поступил совершенно так же, как до него поступил Борис Годунов. Вместо удара по главному опорному пункту врага он приказал воеводам продолжать осаду Кром и Ельца.

Невзирая на поражения, мятеж, подобно пожару, охватил огромную территорию. Тяжеловооруженная дворянская Конница, обладавшая подавляющим численным перевесом, легко одерживала верх над плохо вооруженными и в основном пешими повстанцами. Но все попытки воевод овладеть опорными пунктами «воров» не давали результатов. Сторонники «Дмитрия» верили, что посаженный ими на трон государь спасся от лихих бояр, и стояли насмерть.

Правительство тщетно пыталось использовать имя Грозного, чтобы повлиять на восставшие города. Вдова Грозного Мария Нагая обратилась с личным письмом к жителям Ельца, призывая их отвернуться от мертвого Растриги.

Грамоту ельчанам передал дядя царевича Дмитрия, боярин Григорий Нагой. Аналогичные грамоты были посланы в другие места. Однако обращения успеха не имели.

Армия Годуновых распалась после двухмесячной осады Кром. Воеводам Воротынскому и Трубецкому пришлось осаждать Елец и Кромы примерно столько же времени.

В августе 1606 г. правительственные войска отступили к Москве.

Верно ли мнение, что причиной отступления было поражение царской армии? В какой мере источники подтверждают этот вывод? В польском Дневнике можно найти записи, которые на первый взгляд не оставляют места для сомнений: «День 17 сентября. Пришло известие к пану воеводе, что под Ельцом войско Шуйского в 5 тыс. наголову разбито. День 21 сентября. Снова пришла весть, что под Кромами побито 8 тыс. людей Шуйского, гнали и били их на протяжении 6 миль». Упомянутый в Дневнике «пан воевода» был не кем иным, как Юрием Мнишеком.