С началом Отечественной войны Барклай был назначен главнокомандующим 1-й Западной армией, с сохранением поста военного министра. Относительно борьбы с Наполеоном Барклай выработал свой план, основанный на уклонении от решительного боя и отступлении в глубь страны. Идеи этого плана высказаны были Барклаем впервые еще в 1807 г. в Мемелс, где он лечился от раны, известному историку Нибуру, «Если бы мне пришлось действовать против Наполеона, — говорил он тогда, — я вел бы отступательную борьбу, увлек бы грозную французскую армию в сердце России, даже на Москву, истощил бы и разорил ее и наконец, воспользовавшись суровым климатом, заставил бы Наполеона на берегах Волги найти вторую Полтаву». Те же мысли там же и тогда же высказал он и императору Александру, посетившему его, а вступив затем в управление военным министерством в марте 1810 г., представил ему же особый доклад («О защите западных пределов России»), в котором, развивая ту же идею, указывал, что первое упорное сопротивление противнику должно было быть оказано на оборонительных линиях Двины и Днепра, причем главной базой являлась Москва — «главное хранилище, из которого истекают действительные к войне способы и силы».

Император Александр вначале вполне разделял эти взгляды Барклая, но впоследствии осложнил их осуществление принятием плана полковника Фуля, основанного на занятии укрепленного Дрисского лагеря. И вот Барклаю с первых же шагов войны пришлось бороться с влиянием этого педанта-теоретика. Вынужденный, несмотря на все свои возражения, к поспешному отводу войск в Дрисский лагерь, Барклай настоял в конце концов на его очищении и соединении со 2-й армией (князя Багратиона). Памятуя слова императора Александра, сказанные ему при отъезде государя из армии: «Поручаю вам мою армию. Не забывайте, что у меня нет другой, и пусть эта мысль никогда вас не покидает», — Барклай проникнут был во всех действиях крайней осторожностью. Так, по соединении армий у Смоленска и принятия над ними главного начальствования, он отказался от выработанного Толем плана наступления всеми нашими силами к Рудне, чтобы, разбив и прорвав центр расположения армии Наполеона, занять внутреннее положение по отношению к противнику и бить его по частям. Он решил отступать на Москву.

Решение это вызвало против Барклая крайнее неудовольствие как в армии, так и в обществе, обвинявших Барклая в нерешительности, трусости и даже измене; под давлением общественного мнения император Александр принял решение назначить Кутузова главнокомандующим всеми силами, действовавшими на театре войны. Последний прибыл к армии 17 августа и, приняв ее от Барклая, мрачными красками изобразил состояние ее в донесении государю. Барклай был приведен этим в отчаяние и 24 августа, накануне Бородинской битвы, обратился к императору Александру с письмом, в котором умолял освободить его «из этого несчастного положения и совершенно уволить от службы», если в предстоящем сражении не исполнится его желание — быть убитым.