Более поздние обвинения недоброжелателей Путина в том, что власти не провели серьезного расследования сентябрьских взрывов, абсолютно беспочвенны; расследование велось энергично и было достаточно результативным.

Однако следственная деятельность идет по одной логике, а политическая и военная — по другой. Неудивительно поэтому, что еще до окончания следствия В. Путин отдал распоряжение о прекращении железнодорожного и воздушного сообщения с Чечней. Вслед за этим командование федеральных войск с согласия правительства отключило на территории Чечни электроснабжение и связь и перекрыло нефте— и газопроводы. Бомбардировке подвергся главный аэропорт Чечни «Северный» близ города Грозного. Еще через два дня российская военная авиация стала наносить массированные бомбовые и ракетные удары по военным базам, по лагерям и скоплениям боевиков, по узлам связи, по складам с горючим, по мостам и дорогам. На границах Чечни началось формирование крупной объединенной военной группировки, создавались ее тылы и вся необходимая инфраструктура. Спешки не было, но росла решимость применить силу и покончить с властью исламских террористов в России.

Известно, что в 1994 году среди военного руководства России, возглавлявшегося генералом Павлом Грачевым, господствовало убеждение о крайней легкости наведения с помощью армии российского конституционного порядка в Чечне. Грачев всерьез полагал, что для этого достаточно нескольких дней и нескольких воздушно-десантных полков. Вся военная операция в Чечне, планы которой Грачев докладывал Совету безопасности России, была рассчитана на месяц, из которого три или четыре дня отводились на разгром дудаевцев в Грозном.

Но после поражений и тяжелых потерь российской армии в 1995–1996 годах в политических кругах и среди части военных лидеров России возобладало убеждение, что любая операция широкого масштаба в Чечне обречена на неудачу. Чеченские террористы и боевики казались некоторым московским политикам непобедимыми. И хотя число похищенных бандитами российских граждан приближалось к двум тысячам, их продолжали выкупать или обменивать, порождая у работорговцев чувство безнаказанности и всесилия. Как признавал позднее Сергей Степашин, у него, как у главы правительства, не было планов проведения какой-либо крупномасштабной военной операции на территории Чечни, и он во многом не был согласен с распоряжениями и приказами нового премьера Путина. Решительно против массированной военной операции выступал и Григорий Явлинский, с которым Степашин вступил в политический союз. К «взвешенности» и осторожности призывали Юрий Лужков и Евгений Примаков, предлагая ограничиться спецоперациями и созданием вокруг Чечни «санитарной зоны». Председатель Совета Федерации Егор Строев публично заявил, что России не следует торопиться с проведением наземной военной операции. «Военная операция возможна, — заявил в середине сентября председатель комитета Государственной думы по обороне Роман Попкович, — но сейчас она нецелесообразна». На вопрос о возможности наземной операции в Чечне губернатор Самарской области Константин Титов ответил, что это было бы даже не ошибкой, а катастрофой для России.

Даже наиболее радикальные предложения о защите российской территории от нападений чеченских боевиков не шли дальше проектов о продвижении российской армии на левый берег Терека — это позволило бы существенно сократить протяженность «санитарной зоны». В начале сентября даже такой радикально настроенный генерал, как Владимир Шаманов, отличившийся в первой чеченской войне и в боях на территории Дагестана, заявил при назначении его командующим 58-й армией, расположенной у границы Чечни: «Войска на территорию Чечни вводиться не будут». Шаманов был уверен в своих силах, но сомневался в надежности российских политиков.

Явно боялись вступления российских войск на территорию Чечни и все чеченские лидеры, включая Масхадова, Басаева и Хаттаба.