В течение этого дня экипаж корабля управления «Славутич» предотвратил попытку захвата корабля вооружённой группой. Начальник радиотехнических войск Воздушных Сил ВС Украины полковник Сергей Вишневский сообщил, что все командные пункты, радиотехнические батальоны и роты на территории Крыма находятся в осаде российских войск и отрядов крымской самообороны. Российские спецназовцы прорвались на территорию зенитно-ракетного полка под Евпаторией (в/ч А-4519).

Тем временем, как сообщило Радио Свобода со ссылкой на очевидцев, российские военные установили на КПП «Турецкий вал», расположенном на границе Херсонской области и Крыма, усиленный блокпост и окапывают оборонительные позиции для людей и техники. По их словам, на КПП находится около 50 вооружённых российских военнослужащих и военная техника — не менее трёх БТР, шесть-семь бронированных автомобилей «Тигр» (или «Вепрь»), несколько грузовых автомобилей и инженерная техника. Госпогранслужба Украины, со своей стороны, развернула три контрольно-пропускных пункта и выставила пограничные патрули на административной границе с АР Крым. Контрольные пункты были развёрнуты в районе населённых пунктов Сальково, Каланчак и Чаплинка. Согласно информации, эти пункты и патрули усилены военнослужащими мобильных подразделений погранвойск, сотрудниками МВД и военнослужащими ВСУ.

В Симферополе неизвестные вооружённые люди в военной форме заблокировали автомобиль специального посланника Генерального секретаря ООН Роберта Серри, который был вынужден прервать своё пребывание в Крыму и покинуть полуостров. Как прокомментировал этот инцидент Сергей Аксёнов, «мы не направляли им приглашение, они не предупреждали о приезде, обычная в таких случаях процедура не была соблюдена».

Ракетный крейсер «Москва» из состава ЧФ в сопровождении четырёх судов обеспечения встал у входа в бухту Донузлав, блокируя таким образом выход кораблей ВМС Украины.

6 марта командующий ВМСУ контр-адмирал Сергей Гайдук заявил, что в сложившейся в Крыму ситуации украинские военные изо всех сил стараются не допустить кровопролития и жертв среди мирного населения, «не позволить политическим противоречиям разорвать семьи и детей».

6 марта 2014 года. Верховный Совет АР Крым и Севастопольский городской совет приняли решение войти в состав России в качестве субъектов Федерации и провести референдум на территории АР Крым и Севастополя, причём не 30 марта, а 16 марта, вынеся на референдум вопрос о вхождении Крыма в состав России на правах субъекта Федерации или восстановлении Конституции Крыма 1992 года при сохранении полуострова в составе Украины.

Руководство Верховного Совета Крыма заявило, что изменение формулировки вопроса было вызвано реакцией украинских властей на решение о проведении референдума в Крыму, на который ранее не планировалось выносить вопрос о выходе автономии из состава Украины.

Крымские депутаты приняли решение обратиться к руководству России с предложением «о начале процедуры вхождения в состав Российской Федерации в качестве субъекта Российской Федерации».

В течение 6–7 марта через Керченскую паромную переправу круглосуточно переправлялись колонны военного автотранспорта, следовавшие через Керчь в сторону Феодосии. Военные грузы украинскими пограничниками и таможенниками не досматривались.

В ночь с 6 на 7 марта в проливе бухты Донузлав был затоплен списанный большой противолодочный корабль «Очаков», который лёг поперёк пролива, заблокировав выход из бухты украинским судам. Через сутки рядом было взорвано и затоплено водолазное судно БМ 416 типа пожарного катера водоизмещением 30–40 тонн.

7 марта делегация Верховного Совета Крыма во главе с его председателем Владимиром Константиновым встретилась в Москве с председателем Госдумы Сергеем Нарышкиным и спикером Совета Федерации Валентиной Матвиенко.