Осенью 1919 года по распоряжению Реввоенсовета Республики Уборевич направляется на Южный фронт, где вступает во временное командование 14-й армией. Ему тогда исполнилось всего 23 года.

Рассказывали, как байку, что назначенный членом военного совета армии Серго Орджоникидзе, прибыв в штаб, направился в кабинет командующего.

— Командарм здесь? — спросил он моложавого вида очкастого человека, видя в нем штабного.

— Здесь, — ответил тот.

— Ступай и доложи, что приехал Орджоникидзе.

Так произошло их знакомство, переросшее в большую дружбу. Позже Серго Орджоникидзе, выступая перед военной аудиторией, говорил:

— Командарма Уборевича я поставил бы всем в пример. Он был тогда очень молод, энергичен, грамотен в военном деле, решителен. Что сделало его таким? Ответственность перед людьми, кристальная честность, истинная любовь к народу. Его посылали всегда туда, где трудно. С Уборевичем было легко и приятно работать. Уборевича все любили за доступность, хладнокровие в самые опасные моменты и, конечно, за заботу о бойцах.

Под руководством молодого командира части и соединения 14-й армии сумели остановить рвущихся к Москве деникинцев. Они уже заняли Курск, Воронеж, до российской столицы рукой подать.

Сдерживая врага, войска 14-й и соседних армий Южного фронта сумели нанести ему фланговые удары своими подвижными соединениями, а потом и обратить в бегство. Были захвачены стратегически важные пункты: Кромы, Белгород, Харьков, Полтава, Екатеринослав, Николаев, Херсон, Одесса, Тирасполь. Красная Армия захватила огромные трофеи, столь необходимые ей: одних орудий более 350, самолетов — 15, бронепоездов — 23, миллионы ружейных патронов и снарядов, десятки тысяч винтовок.

Затем новое назначение: командующим 9-й (Кубанской) армией Кавказского фронта. Штаб армии находился в Новочеркасске.

О наступлении войск армии один из его участников вспоминал: «По пути от Новочеркасска ударная группа очистила от деникинцев десятки хуторов, станицы Багаевскую, Манычскую, Кагальниц-кую, Гуляй-Борисовку и продолжала преследовать донскую армию белых, сильные удары нанесла 3-му и 1-му Донским корпусам в районах Кагальницкой и Мечетинской. 6 марта сводный конный корпус Д. П. Жлобы и приданная ему 33-я стрелковая дивизия М. К. Левандовского штурмом взяли Новопашковскую. 7 марта был тяжелый бой у Екатериновской, где стремительное движение ударной группы пыталась задержать свежая конница генерала Секретова. Но из этого ничего не вышло. Части Жлобы и Левандовского ворвались в Екатериновскую и погнали беляков в направлении станицы Павловской. Окружив и захватив в плен три полка 4-го Донского конного корпуса, вышли во фланг скопившимся под Тихорецкой войскам деникинцев».

— Продолжать наступать дальше! — потребовал Уборевич.

Вскоре 9-я армия штурмом взяла Екатеринодар, а 27 марта 1920 года и Новороссийск.

За успешные боевые действия по очищению Северного Кавказа от деникинских войск Уборевич был награжден почетным золотым оружием.

Вскоре он снова назначается командующим 14-й армией и руководит боевыми действиями против белополяков. А через два месяца возглавляет 13-ю армию и сдерживает натиск врангелевцев в Северной Таврии и Донбассе. Награждается вторым орденом Красного Знамени.

В 1921 году Уборевич организует разгром махновцев, участвует в подавлении антоновщины в Тамбовской губернии, ликвидирует банды Булак-Балаховича в Белоруссии.

А потом были Сибирь и Дальний Восток. В августе 1921 года он назначается командующим 5-й армией и Восточно-Сибирским военным округом. Ему приказано готовить войска к освобождению Дальнего Востока от белогвардейцев и интервентов. В конце сентября он прибывает в Хабаровск.