Ибн Сина признавал вечность материи, что противоречило религиозному учению о сотворении мира; он исходил из существования причинной закономерности в природе, что противоречило догме о божественном предопределении, и т. д.

Именно эти положения Ибн Сины подвергались ожесточенным нападкам со стороны богословов. Именно за это Ибн Сину считали вольнодумцем, еретиком, опасным человеком, а его книги, его учение вызывали ненависть и злобу богословов и после смерти философа.

Одно из основных противоречий философии Ибн Сины заключалось в том, что, с одной стороны, он считал мир результатом излучения («эманации») высшего божественного разума, с другой стороны, признавал вечность и несотворенность материи, т. е. вечность мира, причем признание вечности материи являлось одним из существенных, основных положений его сложной философской системы.

Ибн Сина брал в качестве категорий, характеризующих бытие, категории необходимости, действительности и возможности. Он говорил, что каждая вещь возникает в силу своей, порождающей ее причины. Каждая из таких причин, в свою очередь, порождена какой-то определенной собственной причиной и т. д. Весь мир в целом возникает, по мнению Ибн Сины, как порождение первопричины, Бога.

Бог в философии Ибн Сины выступает как необходимость, как вечный источник действительности. Но Бог не в силах создать что-либо без наличия возможности, источником которой является материя.

Познание Ибн Сина представлял себе как деятельность разума («души») человека. Иногда он даже говорит, что душа путем сравнения между собой образов воспринимаемых органами чувств тел и явлений классифицирует их, образует общие, отвлеченные понятия. Основанием же для сравнения, как считал Ибн Сина, всегда являются сходство и различия вещей, существующие в действительности.

Изучение отдельных или единичных вещей, как утверждал философ, составляет предмет специальных наук. Но для всех наук: необходимо пользоваться методами логики, ибо разум человека, изучая закономерности, образует общие понятия о вещах и явлениях, а общие понятия являются предметом особой науки — логики.

В предисловии к краткому изложению своей философии («Наджат») Ибн Сина писал: «Логика устанавливает законы правильного рассуждения, точно так же как грамматика — законы словосочетания». Он сумел воспринять систему логики, разработанную Аристотелем, и творчески развивал ее дальше. В его понимании логика выступает как наука содержательная, а не только формальная. Рассматривая различные виды логических доказательств, Ибн Сина на самое последнее место ставил аналогию, излюбленную мусульманскими схоластами. «Аналогия менее убедительна, чем индукция, основанная на опыте, — говорил он. — Аналогия хороша лишь для занимательности и предположений, но не годится для убедительного доказательства, а применяется аналогия преимущественно в фикхе».

Ибн Сина резко отрицательно относился к софистике, к игре словами и считал, что логические категории и построения должны соответствовать вещам, действительности, истине. Он критиковал и высмеивал никчемные схоластические рассуждения, причем иногда от него попадало и мусульманским законоведам (факихам) и предмету их занятий — шариату (мусульманскому праву). Он говорил: «Из всех видов доказательств нас интересуют только два: истинные, чтобы им следовать, и софистические, чтобы их избегать». Ибн Сина писал, что никакие, даже самые хитроумные логические уловки не могут сделать ложное истинным.