Государственное устройство Нидерландов и после вхождения в состав «Священной Римской империи» продолжало оставаться весьма своеобразным, что объяснялось их историческим развитием. Уже в XIV — XV веках товарно-денежные отношения и ремесленное производство достигли там очень высокого развития; возникли первые капиталистические мануфактуры, придавшие силу и самостоятельность городам. Политический строй страны носил двойственный характер. Существовал централизованный правительственный аппарат. Фактическим правителем являлся наместник (генеральный штатгальтер) императора, а с января 1556 года — испанского короля. При наместнике имелся Государственный совет, составленный из представителей знати, финансовый и тайный советы, включавшие в свой состав представителей дворянства, городской буржуазии и королевских легистов (законоведов). Представителями центральной власти на местах являлись провинциальные штатгальтеры, назначаемые, как правило, из местных аристократов.

Наряду с органами центральной власти Габсбургов имелись и сословные представительные учреждения — Генеральные и Провинциальные штаты. Кроме того, в городах и местечках функционировали органы самоуправления, находившиеся в руках бюргерской верхушки и патрициата. Каждая из 17-ти провинций и каждый город обладали особыми привилегиями. Как видим, королевская власть в Нидерландах была существенно ограничена в своих действиях.

Занимая особое положение в империи, Нидерланды, естественно, стремились извлечь из него все возможные выгоды. Будучи самой экономически развитой страной Европы, они захватили в свои руки почти всю торговлю с испанскими колонистами в Новом Свете и значительную часть финансовых операций и внешнеимперской европейской торговле. Однако во второй половине царствования Карла V, вследствие бесконечных финансовых вымогательств Габсбургов на ведение разорительных войн, в стране начало вызревать недовольство. Оно выражалось как в возрастании числа восстаний городской и сельской бедноты, так и в интенсивности распространения различных протестантских вероучений, в основном кальвинизма и в меньшей мере лютеранства и анабаптизма. Со времени восшествия на престол Филиппа II оппозиционные настроения в стране резко усилились, ибо с целью полного политического, экономического, религиозного подчинения испанский король решил установить в Нидерландах жестокую бюрократическую систему абсолютизма: значительно увеличил там численность испанских войск, сосредоточил фактическую власть в руках узкого (из трех человек) состава специального совета — Консульты, членами которой являлись верные слуги испанского правительства, и наделил епископов инквизиторскими полномочиями в борьбе с ересями, одновременно создав еще 14 новых епископатов. Высшим церковным иерархам вменялось в обязанности применять со всей строгостью жестокие законы против еретиков, принятые Карлосом V еще в 1525 году, однако до сих пор применявшиеся с известной осторожностью. То обстоятельство, что все эти крайне непопулярные акты исходили от чужеземного властителя, придавали им характер национального гнета.

В 1559 году наместницей Нидерландов была назначена Маргарита Пармская (1522-1586). Побочная дочь Карла V от фламандской крестьянки Марии ван дер Хейнст, Маргарита являлась матерью Алекссандро Фарнезе от брака с Оттавио Фарнезе, герцогом Пармы и Пьяченцы.