Сейчас трудно сказать, чем было вызвано такое решение наркома в отношении Короткова. Возможно, негативную роль сыграло то, что на работу в разведку он был принят по рекомендации Вениамина Герсона, бывшего личным секретарем наркома госбезопасности Генриха Ягоды. Оба они были объявлены врагами народа и расстреляны. Не исключено, что другим поводом к увольнению разведчика могла стать его работа в первой командировке в Париже под руководством резидента НКВД Александра Орлова, который незадолго до этого руководил агентурной сетью НКВД в республиканской Испании. Перед угрозой расстрела он отказался возвратиться в Москву и стал невозвращенцем, а в конце 1937 года перебрался на жительство в США. Вероятно, только полученная Коротковым высокая правительственная награда спасла его от репрессий.

Впрочем, Коротков не стал гадать о причинах своего отстранения от дел и пошел на беспрецедентный по тем временам шаг. Он пишет письмо на имя наркома Берии, в котором просит пересмотреть решение о своем увольнении. В письме он подробно излагает свои оперативные дела и подчеркивает, что не заслужил недоверия, которым обусловлено увольнение. Коротков прямо говорит о том, что не знает за собой проступков, могущих быть причиной «отнятия у него чести работать в органах».

В архивах Службы внешней разведки сохранился рапорт разведчика на имя Берии. В нем, в частности, говорится:

«Восьмого января 1939 года мне было объявлено о моем увольнении из органов. Так как в течение десятилетней работы в органах я старался все свои силы и знания отдавать на пользу нашей партии, не чувствую за собой какой-либо вины перед партией и не был чем-либо замаран, думаю, что не заслужил этого увольнения.

За границей я в общей сложности пробыл четыре года, из них два с половиной в подполье… Ехал за границу только из-за желания принести своей работой там пользу и думаю, что не один знающий меня человек может подтвердить, что я не барахольщик и что меня не прельщает заграничное житье…

Что касается моей жены, то несмотря на наличие у нее родственников за границей, на ее долгое проживание там, несмотря на компрометирующие материалы против се отца, умершего в 1936 году, я полностью уверен в ее преданности партии и могу нести за нее любую ответственность…

Я отлично понимаю необходимость профилактических мер, но поскольку проводится индивидуальный подход, то выходит, что я заслужил такое недоверие, которое обусловливает мое увольнение из органов. В то же время я не знаю за собой проступков, могущих быть причиной отнятия у меня чести работать в органах. Очутиться в таком положении беспредельно тяжело и обидно.

Прошу Вас пересмотреть решение о моем увольнении.

Коротков. 9.01. 1939 г.».

Александра Короткова поддержали сотрудники внешней разведки, которые обратились в партком Главного управления государственной безопасности НКВД. Л. Берия вызвал к себе разведчика для беседы и подписал приказ о его восстановлении на работе.

Заместитель начальника 1-го отделения внешней разведки лейтенант госбезопасности (капитан — в Красной Армии) Коротков сразу же направляется в краткосрочные командировки в Норвегию и Данию. Ему было дано задание восстановить связь с рядом законсервированных источников, с которым Александр успешно справился.

В июле 1940 года Коротков направляется в командировку в Германию сроком на один месяц. Ему дается задание восстановить связь с рядом агентов, законсервированных в связи с разгромом предшественником Берии Ежовым берлинской резидентуры НКВД. Однако вместо месяца Коротков провел в Берлине подхода, а за несколько месяцев до начала войны с Германией был назначен заместителем резидента НКВД в Берлине Амаяка Кобулова, родного брата заместителя наркома госбезопасности Богдана Кобулова.