На южном и юго-западном направлениях было решено отойти и организовать оборону на новых рубежах. В директиве Ставки Главного Командования от 30 июня говорилось:

«…3. Войскам Юго-Западного и Южного фронтов отойти к 9 июля на рубеж укрепленных районов: Коростенского, Новоград-Волынского, Шепетовского, Старо-Константиновского, Проскуровского и Каменец-Подольского, где, опираясь на УРы, организовать упорную оборону полевыми войсками с выделением в первую очередь артиллерийских противотанковых средств. Основные силы сосредоточить в резервах.

4. Армиям Юго-Западного фронта отойти на основной рубеж Сарны, р. Случь, Острог, Скаладзь (Скалат), Чортков, Коломыя, Берхомет (Берегомет), удерживая его до 6 июля. В дальнейшем отойти на основной рубеж.

Главную группировку фронта создать в районе Каганович (Кагановичи 1-е), Чаповичи, Радомышль, Чернобыль…

5. Армиям Южного фронта прикрывать отход войск Юго-Западного фронта со стороны Румынии до выхода их на промежуточный рубеж. С началом отхода армий Юго-Западного фронта на основной рубеж отвести правое крыло 18-й армии на фронт Смотричи, Липканы, где организовать упорную оборону, опираясь на УР. Основную группировку сил фронта иметь ближе к правому крылу фронта».

Для проведения в жизнь чрезвычайных мер постановлением ЦК ВКП(б), Президиума Верховного Совета СССР и СНК СССР от 30 июня создается Государственный комитет обороны (ГКО), который возглавил Сталин. В руках ГКО концентрировалась вся полнота власти в стране.

Решение Ставки Главного Командования о переходе к стратегической обороне явилось первым шагом на пути из плена беспочвенных иллюзий. Но провал военно-стратегических идей Сталина оказался слишком глубоким — огромные жертвы и катастрофические неудачи начального периода войны требовали объяснений. 30 июня Сталин позвонил Жукову и приказал вызвать в Москву командующего Западным фронтом генерала армии Павлова.

Когда Жуков увидел 1 июля Павлова, то едва узнал его — так изменился Дмитрий Григорьевич за несколько дней войны. В тот же день Павлов был отстранен от командования фронтом и вскоре предан суду. Военная коллегия Верховного Суда СССР под председательством армвоенюриста В. В. Ульриха на закрытом судебном заседании «за позорящую командира трусость, бездействие власти, отсутствие распорядительности, развал управления войсками, сдачу противнику без боя и самовольное оставление боевых позиций» приговорила 22 июля к расстрелу Д. Г. Павлова, начальника штаба фронта генерала В. Е. Климовских, начальника связи генерала А. Т. Григорьева, командующего 4-й армией генерала А. А. Коробкова.

Постановлением Военной коллегии Верховного Суда СССР от 31 июля 1957 г. Д. Г. Павлов, В. Е. Климовских, А. Т. Григорьев и А. А. Коробков были реабилитированы.

По решению Ставки Главного Командования командующим Западным фронтом был назначен нарком обороны С. К. Тимошенко. В состав фронта со 2 июля передавались 19, 20, 21, 22-я армии, а в тылу, в районе Смоленска, сосредоточивалась 16-я армия.

Расстрел командующего Западным фронтом не оказал какого-либо влияния на изменение обстановки в лучшую для Красной Армии сторону. Надо было не казнить генералов, а оказывать им помощь. Но в той сложной обстановке, когда никто толком не знал в полной мере, что творится на фронтах, от командующих пока лишь требовали сделать все возможное и невозможное для стабилизации положения. Когда командующий Северо-Западным фронтом генерал-полковник Ф. И. Кузнецов, вопреки директиве № 0096, поставил войскам задачу отойти и организовать оборону на рубеже укрепленных районов, Жуков направил ему 30 июня директиву следующего содержания:

«Вами приказ Ставки 0096 не понят. Сложившаяся обстановка требует в течение ближайших трех-четырех дней задержать противника на рубеже Западной Двины.