Причина трагедии еще не стала известна, но президент России Владимир Путин уже предположил, что совершен теракт. По его словам, «с учетом последних событий в мире версия теракта отрабатывается в первоочередном порядке». Он назначил председателем комиссии по расследованию причин катастрофы секретаря Совета безопасности России Владимира Рушайло. Основная версия, как говорилось выше, — теракт на борту самолета.

Эту версию категорически отвергли представители таможенной службы аэропорта Бен-Гурион в Израиле, утверждавшие, что все пассажиры, которые поднялись на борт самолета Ту-154, прошли жесточайший таможенный контроль и ни один человек просто не смог бы пронести в самолет взрывчатку. Наученные горьким опытом, здесь очень жестко относятся к мерам безопасности (в год правительство Израиля тратит на эти меры около 100 миллионов долларов). Каждый улетающий из страны обязан пройти индивидуальное собеседование с представителями Службы безопасности Израиля. Разговор ведется на русском или английском языке прямо в аэропорту, в секции регистрации авиабилетов. Пассажиру, вылетающему из страны, необходимо предъявить представителям Службы безопасности доказательства того, где он жил и чем занимался на территории Израиля. Багаж пассажиров тоже досматривается особым образом. Все сумки проходят через декомпрессионные камеры. Если в них есть взрывчатка, она взрывается прямо в них.

И без того строгий контроль был усилен после трагических событий в Нью-Йорке в сентябре 2001 года. «Мы уверены, что на борту самолета не было никакой взрывчатки; скорее всего, причиной трагедии стали технические неполадки на борту самолета», — заявили таможенники.

В то же время представители компании «Сибирь» отмечали, что погибший Ту-154 находился в хорошем техническом состоянии: в эксплуатации с 1991 года, общий налет 16703 часа, дата последнего капитального ремонта — декабрь 1999 года, налет после капитального ремонта — 3518 часов. Версию технических неполадок на борту самолета в компании называли маловероятной.

Высказывались предположения, что трагедия произошла вследствие взрыва одного из трех двигателей лайнера. К такому развитию событий обычно приводит механическое разрушение элементов двигателя: диски газовой турбины или их валы трескаются, а потом лопаются по швам. В этом случае фюзеляж самолета редко разрушается за одну-две секунды. Опытные летчики сразу вспомнили несколько подобных трагедий на бомбардировщиках Ту-22 в 60—70-е годы. Правда, после тех случаев «двигательные» КБ довели свои детища до ума, и в будущем аналогичных несчастий не наблюдалось.

Определенную опасность для любого самолета представляют топливные баки и трубопроводы. Баки расположены и в фюзеляже, в нижней части, и в «корневых» частях крыльев. Воспламенение паров топлива от малейшей искры вполне может разрушить лайнер. На некоторых машинах, чтобы избежать этого, в баки по мере их опустошения специально подают нейтральный газ — если экипаж подозревает неполадки с электроприводом. Однако, если бы на борту сибирского лайнера вспыхнуло топливо, летчики узнали бы об этом (благодаря срабатыванию сигнализатора) и успели бы сообщить о ЧП диспетчеру. Но бывают и исключения, например, взрыв американского «Боинга-747» в августе 1996 года, вылетевшего из Нью-Йорка в Париж. Самолет погиб на 15-й минуте полета над Атлантикой, разрушившись моментально. Пилоты не успели подать сигнал бедствия, и американские следователи установили истину только через год, подняв из океана, со 100-метровой глубины, 90 процентов остатков лайнера.

В числе «подозреваемых» оказалось шасси. В последнее время именно на этом типе самолетов случались «колесные» инциденты, когда шасси убиралось или вываливалось в самый неподходящий момент. Эксперты единодушны: несанкционированный выпуск даже одной из двух стоек шасси на высоте 10—11 км неминуемо приводит к разрушению сначала крыла, а затем и всего самолета всего за 5—10 секунд.