Агентство Ассошиэйтед Пресс предположило, что Ту-154 сбили террористы. Однако эту версию посчитали маловероятной. Самолет летел на высоте 11000 м. Ни один из тогда существовавших переносных зенитно-ракетных комплексов (ПЗРК) не мог поразить цели на таких высотах. Так, дальность полета ракеты американского ПЗРК «Стингер» составляет 5500 м, а максимальная высота — 4800 м. Максимальная дальность отечественных ПЗРК «Стрела» и «Игла» 6000 м при высоте 5500 м. Чтобы сбить самолет, летящий на высоте 11 км, террористам понадобилась бы система для работы на средних или больших высотах, имеющая самоходное шасси и довольно большие размеры.

Не менее экзотической казалась и другая версия. Трагедия совпала по времени с крупномасштабными учениями вооруженных сил Украины, проходившими на военном полигоне Чауда, в районе Феодосии. На них отрабатывались учебно-боевые задачи по обнаружению и уничтожению воздушных целей условного противника зенитными комплексами, выполнялись полеты самолетов ПВО. В частности, осуществлялись боевые пуски ракет зенитно-ракетных комплексов С-200.

О начале этих учений украинские военные сообщили заранее. По принятой во всем мире практике как минимум за две недели до боевой работы все заинтересованные ведомства оповещаются о закрытии района стрельб для пролета гражданских и военных самолетов. Сам район учений относят по меньшей мере на 30 км от международных и внутренних авиалиний. Но стопроцентной гарантии безопасности в таких случаях обычно никто не дает.

Запуски ракет в Украине проводились не слишком часто из-за нехватки горючего и боеприпасов. Давно выслужившие срок ракеты сами по себе таили немалую опасность. Эксперты не исключали возможности сбоев в их управлении, в том числе и проблем с самоликвидаторами, которые должны срабатывать в случае отклонения ракет от учебной цели.

Предположение, что пассажирский самолет сбит по ошибке одной из этих ракет, украинская сторона с возмущением отвергла. Да и президент России Владимир Путин говорил, что исключает возможность того, что самолет Ту-154 сбит украинскими силами ПВО. Такого же мнения придерживался и министр обороны России. Версию о невозможности подобного исправно повторяли даже несмотря на то, что сам украинский премьер признал, что такая вероятность, возможно, и существует.

Однако через два дня Пентагон подтвердил, что его средствами спутникового слежения зафиксированы пуски ракет именно в районе гибели самолета. Затем министр обороны России объявил, что президент Путин не удовлетворен данными украинской стороны и затребовал более детальную информацию. Здесь не может не возникнуть вопрос: на основе какой информации и, главное, кем предоставленной делал свое заявление, что самолет не мог быть сбит «шальной» украинской ракетой, президент Путин.

Самолет упал далеко в море. И хотя его обломки из тех, что остались на поверхности, были подняты, основная их часть, включая и «черные ящики», лежала на глубине около 2000 м. А дно покрывал 6-метровый слой ила. На месте катастрофы работал российский глубоководный аппарат «Тритон». Анализ обломков проводился в подмосковных лабораториях.

Постепенно основной становится «ракетная версия» гибели Ту-154. В обломках самолета, поднятых со дна, обнаружены небольшие круглые отверстия. Ракета комплекса С-200 как раз снаряжена тысячами стальных шариков, которые выбрасываются при приближении к цели. Характерные следы имелись и на извлеченных из Черного моря телах погибших пассажиров авиалайнера.

Украина продолжала настаивать на своей непричастности к гибели российского авиалайнера — об этом говорил главком ПВО Украины Владимир Ткачев. По его утверждению, данные объективного контроля свидетельствуют о непричастности войск ПВО вооруженных сил Украины к трагическому инциденту. Известно, что из 23-х запущенных ракет 21 попала в цель, одна самоликвидировалась, а еще одна приземлилась на парашюте.