Учёные успели сделать лишь предварительную инвентаризацию «золота Бактрии». Несколько месяцев спустя советские войска вторглись в Афганистан, началась война, и всем стало не до археологии. В. И. Сарианиди и его коллеги уехали, сокровища были сданы в Кабульский музей. В 1989 году, накануне ухода советских войск из Кабула, ценности предлагалось вывезти в СССР или в одну из нейтральных стран, чтобы уберечь их от войны, но режим Наджибуллы отказался от этого шага, заявив, что пребывание бактрийских ценностей на родине — символ стабильности Афганистана.

В феврале 1989 года Кабульский музей был закрыт, а его наиболее ценные экспонаты распределены по трём убежищам. Эта мера оказалась весьма предусмотрительной — в течение последующих семи лет музей был разрушен и разграблен, от него остались лишь одни развалины.

Шесть сейфов с золотом из Тилля-Тепе были спрятаны в подвалах президентского дворца — самом безопасном месте в столице. Последний раз сокровища видели в 1993 году. Затем к власти пришли талибы, и все следы «золота Бактрии» затерялись на долгие десять лет.

Время от времени в мировой печати появлялись самые различные слухи по поводу судьбы пропавших сокровищ. Одни утверждали, что золото тайно было вывезено в СССР. Другие говорили, что ещё во время войны талибы начали обменивать сокровища на оружие. По третьей версии, вся коллекция была расхищена и распродана по частным коллекциям. Говорили, что золото из Тилля-Тепе продано через антикваров в Пакистане, а вырученные средства пошли на финансирование международной террористической сети. И лишь в августе 2003 года, после падения режима талибов, новый министр иностранных дел Афганистана Абдалла Абдалла на заседании генеральной конференции ЮНЕСКО в Париже сообщил важную новость: «золото Бактрии» в целости и сохранности обнаружено в хранилищах президентского дворца в Кабуле. Талибы неоднократно пытались получить к нему доступ, однако благодаря мужеству хранителей все попытки закончились для них неудачей.

Сейфы с «золотом Бактрии» хранились в подвале, вырубленном в скале и защищённом стальными дверями за семью замками. Ключи от замков были у семи человек, большинство из которых к 1996 году, когда талибы захватили Кабул, отсутствовали или были мертвы. Один из оставшихся хранителей, 50-летний Аскерзаи, вспоминает, как делегация из десяти мулл явилась, чтобы осмотреть подвалы. Под дулами пистолетов Аскерзаи открыл кодовый замок хранилища, где покоились активы центрального банка — золотые слитки на сумму около 50 миллионов долларов. Муллы очень оживились. Вероятно, они оживились бы ещё больше, если бы знали, что настоящее сокровище лежит в другом хранилище — буквально у них над головами. По мнению Аскерзаи, они не стали искать «золото Бактрии» по одной простой причине — для этой полуграмотной деревенщины слова «Бактрия» и «археологическое наследие Афганистана» были не более чем пустым звуком. Тем не менее муллы, очевидно, что-то слышали о сокровищах, скрытых в подвалах президентского дворца, так как начали допрашивать хранителя: есть ли здесь ещё какое-нибудь золото? Аскерзаи молчал. Его бросили в тюрьму, где он провёл три месяца и 17 дней. Хранителя неоднократно допрашивали и подвергали издевательствам и пыткам, но он не сказал ни слова.

В мировых СМИ прошли сообщения о том, что афганские власти планируют организовать показ «золота Бактрии» за рубежом — в США, Франции, Германии, Японии и Греции. К этой акции подключились ЮНЕСКО и ряд крупнейших средств массовой информации.