Не располагая большими средствами, компания могла навербовать только сотню солдат и снарядить два корабля. В 1524 году Писарро и Альмагро предприняли первое плавание к берегам Перу, но дошли только до дельты реки Сан-Хуана. Часть бассейна Сан-Хуана они обследовали, но не нашли ничего ценного в этом жарком и влажном лесном районе с редким бродячим населением. Из-за недостатка продуктов испанцам пришлось ни с чем вернуться в Панаму.

В 1526 году конкистадоры повторили попытку и снова высадились на берег близ устья Сан-Хуана, а на юг послали на разведку один корабль под командой кормчего Бартоломе Руиса. Тот продвинулся вдоль берега приблизительно еще на 800 км, открыл дельту реки Патии (Виру) и бухту Тумако, а затем пересек экватор. Моряки видели вдали гигантскую снежную вершину Чимборасо (6272 метра). Руис захватил в плен нескольких перуанцев, плывших на встречном бальсовом плоту. Пленники подтвердили рассказы о громадных размерах и богатствах страны, лежащей к югу, и о могуществе инков, которым она принадлежала. Руис доставил Писарро несколько ценных образцов перуанских изделий.

Инки - одно из племен многочисленного народа кечуа - приблизительно за сто лет до прихода испанцев возглавили союз нескольких племен, подчинили себе другие племена кечуа и покорили соседние народы, из которых самым многочисленным был народ аймара в Центральных Андах. К 1438 году инки образовали крупнейшее из всех индейских государств, когда-либо существовавших. Это раннерабовладельческое государство простиралось к югу от реки Патии до реки Мауле более чем на 4000 километров и занимало площадь около 2 000 000 квадратных километров с населением около 6 миллионов человек. Власть там принадлежала верховному инке, который опирался на господствующую группу своих единоплеменников. Столицей государства был город Куско, лежащий в высокогорной долине реки Урубамбы, в верховьях Укаяли - Амазонки.

Писарро и Альмагро в следующем, 1527 году в третий раз отправились к берегам Перу, но и на этот раз не дошли до экватора. Из-за нехватки съестных припасов компаньоны решили разделиться. Упрямый Писарро остался на прибрежном островке, где считал себя в безопасности от набегов приморских индейцев, озлобленных грабежами и насилиями, которые испанцы учиняли как в районе залива Буэнавентуры, так и севернее его. Альмагро отправился обратно в Панаму за подкреплениями и новыми припасами.

Педрариас Авила к этому времени был отстранен от власти. Его преемник решил положить конец "безумным" попыткам, начатым до его прибытия, и притом человеком такого "темного происхождения", как Писарро. Губернатор послал за Писарро и его людьми корабль с категорическим приказом немедленно вернуться в Панаму. И на островке произошла сцена, которую некоторые историки считают театральной и потому неправдоподобной. Она, однако, вполне соответствует характеру Писарро, каким его рисуют самые достоверные исторические документы.

Многие из спутников Писарро обрадовались случаю вернуться обратно в Панаму, к своим поместьям. Тогда Писарро выступил вперед, извлек меч из ножен, провел им черту на песке, шагнул через черту и сказал, обращаясь к своим оробевшим товарищам: "Кастильцы! Этот путь (на юг) ведет к Перу и богатству, тот путь (на север) - к Панаме и нищете. Выбирайте!" Только полтора десятка человек последовало за ним, в том числе кормчий Руис и Франсиско Херес, ставший историографом экспедиции, завоевавшей Перу. Капитан панамского корабля взял на борт остальных и отчалил, бросив "бунтовщиков" без припасов на произвол судьбы.

Писарро и его товарищи, не чувствуя теперь себя в безопасности на прибрежном островке, построили бальсовый плот и перешли на лежащий в 50 километрах от берега остров Горгона.