Верховный инка понял, что конкистадоры больше всего в мире ценят золото. На стене темницы, в которую его заключили испанцы, он провел черту так высоко, как только мог достать рукой, и предложил неслыханный выкуп за себя - столько золота, что оно наполнило бы комнату до указанной черты. Франсиско Писарро принял предложение. Тогда Атауальпа разослал во все стороны гонцов, чтобы они собирали золотые сосуды и другие храмовые украшения.

В начале 1533 года Альмагро прибыл в Перу с отрядом в 200 человек, из них около 50 всадников, но братья Писарро уже не нуждались в них. Именно тогда, по-видимому, вспыхнула вражда между компаньонами, которая позднее привела к гибели почти всех капитанов-вожаков Перуанской экспедиции.

До середины 1533 года инки собрали груды золота, но еще далеко не весь выкуп был доставлен. Франсиско Писарро потерял терпение, тем более что ресурсы инков, казалось, были уже исчерпаны. Он обвинил инку в заговоре против испанцев, в убийстве его соперника Уаскара, в идолопоклонстве, в многоженстве и т. д. Атауальпа был приговорен к сожжению. Но так как он согласился принять крещение, то был "только" удавлен. Золото, собранное по его приказанию, после выселения королевской пятины было разделено между конкистадорами. Так как у Альмагро был крепкий отряд, он получил свою долю.

Писарро объявил государем Перу верховного инку Манко Капака, сына Уаскара, и вступил с ним в столицу страны Куско, без труда сломив на пути сопротивление индейцев.

Он поспешил отправить в Испанию королевскую пятину - большой груз золота (некоторые авторы исчисляют всю добычу в 150 миллионов золотых рублей). Новые толпы искателей приключений бросились в Южную Америку. Корабли совершали частые плавания между Панамой и Перу. Писарро решил тогда перенести административный центр страны к морю и основал "Город Королей" (1535), который позднее получил название Лима.

На склоне жизни Писарро испытывал удовлетворение, прокладывая улицы городов, раздаривая дома своим друзьям. Индейцы выстроили и его личную резиденцию в испанском стиле, с привычным для них патио - внутренним двориком, засаженным привезенными оливковыми и апельсиновыми деревьями.

Но спокойное время продолжалось недолго. Младшие братья Писарро и другие испанцы в Куско нарушили договор и оскорбили правителя Манко. Взбешенный, он тайно готовил восстание. В апреле 1536 года Манко исчез из Куско и созвал своих вождей на встречу, где они поклялись изгнать ненавистных завоевателей из Перу. И уже в мае 190 испанцев в Куско оказались окруженными индейцами.

Восстание Манко продолжалось до декабря. Четыре экспедиции, посланные Писарро в поддержку своих братьев, потерпели поражение в горах, еще на подходах к Куско. Около 500 испанцев были убиты. И все-таки перуанцам не удалось освободить свою страну. Корабли с подкреплением прибыли из Центральной Америки, и блокада Куско была прорвана. Манко бежал в джунгли Амазонии, к священному городу Мачу-Пикчу, где и правил остатками своей империи вместе с тремя сыновьями в течение 35 лет.

Но еще большие трудности, чем с индейцами, испытал Писарро со своим старинным соратником и даже когда-то другом Диего де Альмагро. Тот всегда организовывал снабжение и пополнял людьми экспедиции Писарро. И был жестоко уязвлен тем, что король утвердил для него лишь титул губернатора Перу. Как только представился случай, он обвинил Писарро в присвоении всех званий.

Тогда Писарро сделал дипломатический ход: в награду за усердие Альмагро получил землю на юге Перу. Но когда Диего прибыл туда, то был разочарован - там нечем было поживиться. Он не знал, что на подвластной ему территории находится Потоси, где позже испанцы откроют богатейшие в мире залежи серебра. Альмагро претендовал на Куско. Схватка между испанцами не заставила себя долго ждать, причем она была не менее яростной, чем битвы с индейцами.