Во время эвакуации короля из Неаполя Карачиолло категорически возражал против сожжения своих кораблей. Тогда-то, видимо, и началась его взаимная неприязнь с Нельсоном, который велел сжечь все, что еще оставалось в порту. Спустя некоторое время Фердинанд отпустил Карачиолло из Палермо на материк для устройства дел в оставшемся без присмотра имении. Едва командор ступил на неаполитанскую землю, как был арестован республиканцами. Те предложили князю возглавить "флот" Партенопейской республики: несколько канонерок и торговых бригов. Особого выбора у Карачиолло не было: или командовать, или сложить голову. Он избрал первое. Впрочем, никаких боевых действий его "флот" ни с кем не вел, а все время существования республики безвылазно простоял в порту.

Когда в Неаполь вернулась прежняя власть и начались массовые убийства, Карачиолло, не слишком рассчитывая на правый суд, решил до поры до времени отсидеться за городом и объявиться, когда кончатся казни. Переодевшись крестьянином, он отправился в одну из деревень, но был выдан собственным слугой, польстившимся на обещанную за голову князя награду.

Нельсон, узнав о пленении Карачиолло, приказал кардиналу Руффо немедленно доставить князя к нему на корабль. Кардинал не посмел ослушаться, хотя никакого отношения к деятельности неаполитанского командора британский адмирал не имел. Вскоре Карачиолло, а с ним еще несколько бывших офицеров королевской армии в кандалах были доставлены на "Фоудройант", где пленников посадили под замок, а у дверей выставили нескольких часовых с лейтенантом во главе.

Решение о публичной казни принимали Нельсон и Эмма Гамильтон. Все делалось в лихорадочной спешке. Для проформы собрали несколько неаполитанских офицеров, которые под присмотром Нельсона проголосовали за казнь.

Выписка из вахтенного журнала линейного корабля "Фоудройант": "Суббота 29-го: несколько важных офицеров восставших были подвергнуты заключению на различных судах. В 9 часов утра на борту собрался военно-морской суд для рассмотрения дела по обвинению в восстании кавалера Франческо Карачиолло".

— Вы обвиняетесь в мятеже против короля и боевых действиях в качестве командующего республиканским флотом! — объявили князю.

— Ни в каком мятеже я не участвовал и никаких боев за республику не вел! — отвечал Карачиолло. — Вы же прекрасно это знаете! К чему весь этот театр?

Пожав плечами, судьи удалились. Спустя несколько минут был оглашен приговор: за казнь — четверо, за тюрьму — двое. О приговоре сообщили Нельсону.

— Повесить как можно скорее! — распорядился он.

— По закону полагается дать приговоренному хотя бы двое суток, чтобы он мог закончить все свои дела и приготовиться к смерти! — возразил председатель суда.

— Какие еще, к черту, сутки! — возмутился Нельсон. — Повесить немедленно!

В пять часов утра следующего дня Карачиолло был перевезен на неаполитанский фрегат "Минерва", которым он не так давно командовал. Грохнула пушка, пробили "дробь" барабаны, и командор был вздернут на рее.

Выписка из вахтенного журнала линейного корабля "Фоудройант": "Воскресенье 30-го. Вынесенный вчера военно-морским судом приговор кавалеру Франческо Карачиолло приведен в исполнение на борту неаполитанского фрегата; приговоренный собственно повешен".

Король Фердинанд высказал пожелание, чтобы труп командора висел как можно дольше.

— Это ободряюще действует на моих подданных! — смеялся он. — Что же до запаха, то труп врага всегда хорошо пахнет!

Когда от запаха разложения находиться на палубе "Минервы" стало просто невыносимо, труп Карачиолло вынули из петли, привязали к ногам ядро и выбросили за борт.