Сразу после покушения Александр принял отставку шефа жандармов, старого князя Василия Долгорукова, и назначил на его должность молодого, энергичного графа Петра Шувалова. Должность генерал-губернатора столицы, которую занимал добродушный князь Александр Суворов, была попросту упразднена. Генерал Трепов, руководивший подавлением мятежа в Варшаве, занял пост префекта полиции Санкт-Петербурга. Расследование заговора было поручено Михаилу Муравьеву, прозванному «литовским палачом». Каракозов отказался назвать имена сообщников. Тем не менее полиция выявила и арестовала членов «Организации». Второстепенные персонажи были приговорены к каторжным работам, Каракозов и Ишутин – к смертной казни. В обществе были уверены, что царь, который всегда отменял смертные приговоры, пощадит двух революционеров. И действительно, он согласился заменить Ишутину казнь ссылкой в Сибирь. Тот узнал об этом, когда ему уже готовились надеть на шею петлю. В отношении Каракозова Александр колебался. Терпимость, религиозное воспитание, воспоминания о Жуковском (Жуковский умер в 1852 году в Баден-Бадене) – все это подталкивало его к тому, чтобы помиловать несчастного. Ему, человеку и христианину, претило отвечать злом на зло. Но он не принадлежал себе. Он принадлежал России. Каракозов направил свой пистолет не только на него, но и на всех его предшественников, от Ивана Грозного до Николая I. Подверглись угрозе и оскорблению три века российской истории. Требовалось примерное наказание, в противном случае был бы неизбежен рецидив. Скрепя сердце Александр отказал в помиловании. В детстве Жуковский называл его «свирепым ягненком». Не было ли это правдой?

Каракозов был повешен на гласисе Петропавловской крепости. Перед эшафотом собралась огромная толпа. В Санкт-Петербурге казни не проводились уже много лет, и пришлось вызывать для консультаций палача из Вильно. Каракозов взошел на эшафот, выслушал приговор, опустился на колени, прочитал молитву и совершенно спокойно отдался в руки помощников палача. Вскоре его безжизненное тело покачивалось на веревке.

Но для Александра это дело не было закончено. Наказав виновных, он теперь хотел докопаться до корней зла. Его новое доверенное лицо Михаил Муравьев был убежден, что все несчастья страны исходят из среды интеллектуалов. Ответственным за это, по его мнению, являлся министр народного образования Александр Головнин, который не сумел навести порядок в университетах. По его просьбе царь заменил Александра Головнина на графа Дмитрия Толстого, отличавшегося строгостью. Он также уволил слишком либеральных министров Валуева и Замятнина, назначив на их должности более твердых генерала Толмачева и графа Палена. Как никогда прежде, ему было необходимо окружить себя железной гвардией. В своем послании князю Павлу Гагарину, председателю Совета министров, от 13 мая 1866 года он так определил направления своей новой политики: «Провидению было угодно продемонстрировать России последствия безумных действий тех, кто борется против всего, что для нее свято: веры в Бога, основ семейной жизни, права собственности, уважения к закону и властям. Особое внимание я хочу уделить воспитанию молодежи… Беспорядки более недопустимы. Все главы крупных государственных учреждений должны следить за поведением своих подчиненных и требовать от них неукоснительного исполнения отдаваемых им распоряжений. Дабы обеспечить успех мероприятиям, направленным против пагубных доктрин, подрывающих фундаментальные основы религии, морали, порядка, которые в последнее время получили распространение в обществе, все главы крупных государственных учреждений должны опираться на поддержку консервативных элементов, здоровых сил, которыми, благодарение Господу, еще богата Россия.