Некоторые из известных участников диссидентских движений предполагали, что назначение Андропова ослабит репрессии среди инакомыслящих, усилившиеся в 1966 году и в начале 1967 года. Однако ожидания диссидентов, связанные с переменами в руководстве КГБ, не оправдались, хотя Андропов был несомненно более осторожен и осмотрителен в своих публичных выступлениях. По многим причинам, в том числе и под влиянием событий в Чехословакии, деятельность оппозиционных групп значительно расширилась в 1967–1968 годах. Но в это же время возросли и масштабы репрессий. Разумеется, создание в КГБ специального управления по «борьбе с идеологическими диверсиями» не означало, что руководство КПСС отказалось от жестокого контроля за деятельностью КГБ, особенно в сфере внутренней жизни советского общества. Комитет оставался одним из специфических инструментов власти партийных верхов. Не только КГБ и МВД, но также Генеральная прокуратура и высшие судебные органы контролировались соответствующими отделами ЦК КПСС. В ЦК разрабатывались все основные директивы для правоохранительных и карательных органов. В то время как большинство операций, связанных с разведкой и контрразведкой, планировались и проводились в КГБ самостоятельно, решение судьбы почти всех известных диссидентов требовало одобрения ЦК КПСС или становилось предметом обсуждения на Политбюро. Существовало, конечно, и обратное влияние КГБ на ЦК, так как, представляя в партийные отделы соответствующую информацию, органы государственной безопасности стимулировали принятие тех или иных решений.

Как политик Андропов никогда не стремился вывести КГБ из-под контроля и руководства Политбюро и Секретариата ЦК, о чем свидетельствуют сотни докладных и информационных записок в ЦК КПСС, подписанных Андроповым и опубликованных в нашей печати в последние 6–7 лет. Он никогда не пытался оспаривать те директивы ЦК КПСС, которые требовали усилить борьбу против диссидентов. Заслуживают внимания общие статистические сведения о числе лиц, осужденных за антисоветскую агитацию и пропаганду и распространение «заведомо ложных измышлений, порочащих советский государственный и общественный строй». За 5 лет — с 1956-го по 1960-й — было осуждено по политическим мотивам 4676 граждан СССР. В 1961–1965 годах по этим же мотивам — 1072 человека. При этом в 1965 году пострадали всего 20 человек, а в 1966 году — 48. В 1967 году число осужденных по политическим мотивам составило 103, а в 1968-м — 129 человек. В 1969 году потеряли свободу 195, а в 1970 году — 204 гражданина СССР. В 1976–1980 годах — 347, а в 1981—1985-м — 540 человек. Общее число лиц, осужденных по статье 70 и статье 190 УК РСФСР в 1956–1987 годах, составило 8145. Под арест и осуждение за антисоветскую агитацию и пропаганду попадало, таким образом, в среднем за год 254 или 255 человек. Эти данные содержатся в специальной справке, которую за подписью Виктора Чебрикова руководство КГБ направило Михаилу Горбачеву в 1988 году. Все историки с тех пор используют и комментируют эту таблицу, хотя она является неточной и неполной. Во многих случаях, когда это было возможно, диссидентов привлекали к ответственности по другим, не «политическим» статьям Уголовного кодекса. Так, например, основателя Рабочей комиссии по расследованию использования психиатрии в политических целях Александра Подрабинека привлекли к ответственности за «незаконное хранение огнестрельного оружия» (малокалиберная винтовка без патронов). Одного из известных украинских диссидентов и деятелей национального движения отправили в тюрьму «за попытку изнасилования» (была устроена соответствующая провокация).