Показания свидетелей о времени расстрела были охарактеризованы как отнюдь не вносящие ясности (август, август-сентябрь, конец сентября 1941 г.), было отмечено, что в итоговых документах комиссии Н. Н. Бурденко оно определялось также неоднозначно: в «Сообщении Специальной комиссии…» как осень 1941 г., в судебно-медицинской экспертизе — как время «между сентябрём-декабрём 1941 года», без достаточного обоснования любой из этих дат. Советский свидетель на Нюрнбергском процессе Б. В. Базилевский назвал сентябрь 1941 г. сроком завершения расстрелов. Польские эксперты высказали предположение: произвольное смещение времени расстрелов было вызвано наличием тёплой зимней одежды на трупах, что в январе 1944 года было замечено западными корреспондентами и вызвало стремление исключить август.

Польская экспертиза установила, что оснований для версии о нахождении в могилах 11.000 трупов комиссия Н. Н. Бурденко не имела. Было извлечено лишь 925 ранее обследованных трупов. Судя по обозначенным в «Сообщении Специальной комиссии…» размерам могил, была дана лишь общая локализация участка захоронения, могилы не вскрывались до дна. Никакие новые могилы найдены не были. Новые личные документы не были обнаружены. Таким образом, могила № 8, где эксгумация была комиссией ПКК приостановлена, не исследовалась до конца.

По мнению польских экспертов, реальных оснований для увеличения показателя количества трупов с 4.151 до 11.000 не было. Оно понадобилось для косвенного утверждения, что в Катынском лесу захоронены польские военнопленные, содержавшиеся не только в Козельском, но и в Старобельском и Осташковском лагерях. Было обращено внимание на то, что попытки продолжить идентификацию не предпринимались, наличие металлических жетонов на трупах — результат предпринятой ранее идентификации — было полностью проигнорировано.

Польская экспертиза 1988 г. констатировала, что детальный анализ содержащегося в «Сообщении Специальной комиссии…» утверждения о непосредственных виновниках расстрела в Катынском лесу и его рассмотрения в ходе Нюрнбергского процесса убедительно установили необоснованность версии о вине обер-лейтенанта Ф. Аренса (а не Арнеса) и руководимого им подразделения (537-го полка связи, а не стройбата). Ф. Аренс возглавил полк лишь в ноябре 1941 г. Польская экспертиза констатировала, что в Нюрнберге не получила подтверждение и версия о возможной ответственности за массовое убийство в Катыни оперативной группы «Б». В результате, несмотря на признание в приговоре Международного трибунала Германии виновной в преступлениях в отношении пленных, Катынское дело ей инкриминировано не было.

Польские эксперты отметили применявшийся в «Сообщении Специальной комиссии…» приём — обвинение немцев в фальсифицировании свидетельских показаний и повторные допросы оставшихся в живых находившихся на месте после освобождения Смоленской области свидетелей. Однако сравнения показаний они не проводили.

Эксперты высказались по поводу вещественных доказательств и их использования.

В связи с тем, что в «Сообщении Специальной комиссии…» содержалось утверждение об изъятии, уничтожении, замене немцами найденных на трупах документов, которое было направлено на отрицание доказательности материалов, свидетельствовавших в пользу весны 1940 г. как даты расстрела, польские эксперты сформулировали мнение, что состояние эксгумированной Технической комиссией Польского Красного Креста массы трупов, их слепленность противоречат этой версии, поскольку невозможно полностью фальсифицировать документы тысяч жертв.

В «Экспертизе…» был поставлен вопрос о подлинности сохранившихся вещественных доказательств (всего было собрано 3.194 документа, а также большое количество советских газет, датированных весной 1940 г., и, хотя ящики с ними были уничтожены, имеются детальные протоколы с описаниями вещдоков).