Была составлена «Справка о результатах предварительного расследования так называемого „катынского дела“» и дополнения к ней, призванные служить основой для сообщения официальной комиссии. Эти документы подписали нарком госбезопасности В. Н. Меркулов и зам. наркома внутренних дел С. Н. Круглов.

Следователи Главной военной прокуратуры (ГВП) Российской Федерации в начале 90-х гг. самым тщательным образом изучили методы проведения предварительного расследования, предшествовавшие работе Комиссии Н. Н. Бурденко. Они доказали, что прибывшие из Москвы оперативники изготовили поддельные документы с более поздними датами, подложили их в извлечённые из могил останки, а также подготовили лжесвидетелей. Следователь ГВП А. Яблоков и её эксперт И. Яжборовская писали в одной из своих статей: «В работе со свидетелями НКВД применялась жесткая, изощрённая и избирательная практика запугивания и принуждения к даче ложных показаний, направленная на получение нужных показаний как от тех свидетелей, которые знали истинных виновников смерти поляков, так и от лиц, которые об этом ничего не слышали». Многие из людей, дававших показания в ходе этого «предварительного расследования», а затем и перед Комиссией Бурденко, будучи допрошены следователями ГВП, отказались от своих показаний, сообщив, что их принудили к ним.

Лишь после того, как дело было подготовлено работниками НКГБ и НКВД, 12 января 1944 г. ЧГК постановлением № 23 создала «Специальную комиссию по установлению и расследованию обстоятельств расстрела немецко-фашистскими захватчиками в Катынском лесу (близ Смоленска) военнопленных польских офицеров». По свидетельству наркома просвещения В. П. Потёмкина, состав Комиссии был определён правительством. Её состав должен был дать «гарантию общественному мнению полной беспристрастности, пожалуй, полной широты», — заявил на её первом заседании Потёмкин.

Председателем Комиссии был назначен член ЧГК, главный хирург Красной Армии, академик Николай Нилович Бурденко. По всей видимости, его назначение было связано с письмом, с которым выдающийся нейрохирург обратился 2 сентября 1943 г. к В. М. Молотову (см. № 201). Бурденко сообщил наркому иностранных дел, что методы расстрела советских граждан в Орле были идентичны способу казни польских офицеров. Высказывания Н. Н. Бурденко в ходе заседаний Специальной комиссии свидетельствуют о его искренней вере в то, что катынское преступление было совершено именно гитлеровцами.

В качестве членов Специальной комиссии были назначены: член ЧГК, академик, известный писатель А. Н. Толстой; член ЧГК, митрополит Киевский и Галицкий, экзарх Украины, высокопреосвященный Николай; председатель Всеславянского комитета генерал-лейтенант А. С. Гундоров; председатель Исполнительного Комитета Советских обществ Красного Креста и Красного Полумесяца (СОКК и КП) профессор С. А. Колесников; нарком просвещения академик В. П. Потёмкин; начальник Главного военно-санитарного управления Красной Армии генерал-полковник медицинской службы Е. И. Смирнов; председатель Смоленского облисполкома Р. Е. Мельников.

На первом заседаний Специальной комиссии, проходившем 13 января в здании Нейрохирургического института в Москве, были утверждены начальник отдела ЧГК В. Н. Макаров — в качестве секретаря, В. И. Прозоровский, В. М. Смольянинов, П. С. Семеновский, М. Д. Швайкова, Д. Н. Выропаев — в качестве судебно-медицинских экспертов.

В повестке первого заседания значились и два выступления — Н. Н. Бурденко и первого заместителя наркома внутренних дел С. Н. Круглова. Председатель Специальной комиссии рассказал, что, будучи в Орле, он узнал от свидетеля, как немцы клали на землю советских граждан, стреляли им из револьвера в затылок и те мгновенно умирали. Эксгумация могил подтвердила это свидетельство, а обнаруженная немецкая газета с протоколом вскрытия тел польских офицеров показала тождество методов расстрела в Орле и Катыни.