Выступая перед членами Специальной комиссии, С. Н. Круглов охарактеризовал результаты предварительного следствия, сформулированные в его и Меркулова справке. Он подробно изложил и показания «свидетелей», в первую очередь тех, кого допрашивали ранее немцы и выслушивала международная комиссия экспертов — П. Г. Киселёва, бывшего сторожа на даче НКВД в Катынском лесу, начальника станции в Гнездове С. В. Иванова, дежурного по этой же станции И. В. Саввотеева и др. Было допрошено и много лиц, посетивших Козьи Горы с организованными немецкой администрацией экскурсиями. Они в один голос твердили, что тела прекрасно сохранились и, следовательно, офицеры не могли быть расстреляны весной 1940 г. Не ясно, правда, как несведущие в медицине люди типа уборщицы в какой-то конторе могли судить об этом. Практически каждый из экскурсантов повторял, что верёвки, которыми были связаны руки у польских военнопленных, немецкие. Естественно, с далёкого расстояния люди не могли рассмотреть эти верёвки, да ещё и определить их происхождение. Объяснение может быть одно: сами палачи знали, что они связывали руки пленных верёвками, закупленными в Германии, так же как и то, что расстреливали немецкими пулями калибра 7.65 из «вальтеров».

Круглов рассказал и о некоем обер-лейтенанте Арнесе, командире 537 сапёрного батальона, который якобы в сентябре 1941 г. руководил расстрелом польских офицеров. Однако на Нюрнбергском процессе было доказано, что Аренс (а не Арнес) прибыл в Козьи Горы лишь в ноябре 1941 г., 537-м батальоном он не командовал. Сама же 537-я часть была не сапёрным батальоном, а полком связи при командовании группы армий «Центр».

Митрополит Николай задал Круглову вопрос: «Какое количество военнопленных польских офицеров работало на строительных участках?» Ответ Круглова: «Около 8000 во всех трёх лагерях». Как мы знаем, из Козельского лагеря в УНКВД по Смоленской области были направлены 4421 человек. По всей видимости, НКВД намеревалось приписать немцам и расстрел офицеров из Старобельского лагеря.

Отвечая на вопросы, заместитель наркома внутренних дел заявил, что Комиссии будет достаточно четырёх дней, чтобы «в Смоленске заслушать достаточное число свидетелей, изучить собранные материалы, несколько раз побывать на могиле, посмотреть трупы, заслушать предварительный итог судебно-медицинских экспертов».

Бурденко же в заключение сказал: «Центр тяжести работы нашей комиссии лежит в установлении сроков и методов убийств… Методы убийства тождественны со способами убийств, которые я нашёл в Орле и которые были обнаружены в Смоленске. Кроме того, у меня есть данные об убийстве психических больных в Воронеже в количестве 700 человек. Психические больные были уничтожены в течение 5 часов таким же методом. Все эти способы убийств изобличают немецкие руки, я это со временем докажу».

Вечером 13-го января в Смоленск выехали В. И. Прозоровский, В. М. Смольянинов, П. С. Семеновский и М. Д. Швайкова, 17 января — члены Комиссии.

Второе заседание Специальной комиссии состоялось 18 января уже в Смоленске, на нём присутствовал не только С. Н. Круглов, но и нарком государственной безопасности В. Н. Меркулов. Круглов и председатель Смоленского облисполкома Р. Е. Мельников рассказали о проделанной подготовительной работе: раскопки могил начались 14 января, на них работало 200 бойцов, были установлены 3 палатки для вскрытия трупов, велись поиски других могил в Катынском лесу, в Смоленск доставили всех «свидетелей».