Получив 19 июня 1941 года директиву от Главного морского штаба — готовить к выходу в море подводные лодки, командующий Северным флотом Головко отправил начальнику Главморштаба адмиралу И. С. Исакову доклад об изменении плана использования подводных лодок на случай войны: «Лодки типа „щука“ и часть лодок типа „малютка“ послать в район морских сообщений гитлеровцев между северными норвежскими шхерами и Петсамо; остальные „малютки“ направить для прикрытия входа в горло Белого моря. Обосновал изменение плана следующим: „малютки“ имеют пониженную мореходность, район их действия более ограничен, чем лодок других типов, стало быть, они по своим данным более пригодны для прикрытия наших коммуникаций».

Головко аргументировал свой план тем, что подводные лодки типа «щука» отличаются повышенной маневренностью и живучестью, и их можно наиболее эффективно использовать против гитлеровцев на море. («Щ» — серия средних подводных лодок; они оказались самыми результативными подлодками нашего флота в Великую Отечественную войну.)

В течение нескольких часов в штаб Северного флота поступали донесения о замеченных немецких самолетах, по которым береговые зенитные батареи и корабельная артиллерия открыли огонь, о неопознанных надводных судах, о перископах подводных лодок.

А. Г. Головко вспоминал: «На телефонные запросы нам отвечают из Главморштаба, что началась война, однако ничего другого пока сказать не могут. Тогда я запрашиваю относительно плана использования подводных лодок. И вдруг начинается перепалка. Главморштаб категорически настаивает, чтобы к входу в Белое море, вернее в горло Белого моря, были направлены большие лодки, то есть „щуки“, а не „малютки“. Никакие мои доводы не принимаются. Переговоры насчет лодок возобновляются несколько раз. Дело заканчивается тем, что Главморштаб категорически предписывает мне послать к горлу Белого моря „щуки“, ссылаясь при этом на личное указание И. В. Сталина. Проще говоря, не сумев доказать свою правоту, мотивировали таким образом».

Впрочем, одновременно с вопросом о подводных лодках вице-адмиралу Головко приходилось разбираться с огромным количеством важных и крайне важных проблем. Например, осознавая опасность постоянных авиаударов, командующий считал необходимым вывести из порта Мурманска скопившиеся там гражданские суда: «…до 35 транспортных судов, около 40 рыболовных траулеров и 80 мотоботов — большая часть торгового флота». Они были нужны для использования в военных (после переоборудования) целях либо как вспомогательные и транспортные. Оптимально перебазировать их из Мурманска в Белое море, в Архангельск. Но как это сделать? Конец июня, полярный день, акватория идеально просматривается в любое время суток. Путь же предстоял не близкий, 450 морских миль. Составить конвой? Так все равно нет возможности придать ему какое-то серьезное охранение. Топлива мало, фактически только то, что есть в баках. Эсминцы нужны для обороны. Да и опять же, в походном ордере все суда, включая военные (а силы Северного флота были в тот момент невелики), окажутся удобными мишенями. Самолетов для охраны с воздуха тоже не хватит: все имеющиеся истребители необходимы для отражения натиска люфтваффе, и их все равно не хватает.

Контр-адмирал принял отчаянное решение. Как он записал в дневнике, ему даже по первым часам и дням начавшейся войны показалось, что подтверждается прежнее впечатление: прусская военная школа продолжает оказывать на немцев определяющее влияние, а это — шаблон и педантичность. Головко отмечал, что даже немецкие авианалеты происходили как по расписанию, в одно и то же время. Вполне возможно, что авантюрная идея не составлять конвой, а отправить одиночные суда вообще без охраны, принесет успех. Это вопреки всем правилам, и вполне вероятно, что противник такое даже предположить не может.