Эти перемены заставили Боливара ускорить возвращение в Боготу. Сторонники Сантандера писали в газетах, что Боливар направляется в Боготу, как в свое время Морильо, — проливать кровь патриотов.

Население колумбийской столицы встретило Боливара холодно, настороженно. Тем не менее никто не решился оказать ему сопротивление. Боливар отстранил Сантандера от власти и стал выжидать результатов выборов в учредительное собрание.

Вскоре в Боготу к Боливару прибыла Мануэлита Саэнс. Он с каждым днем все больше нуждался в ее дружбе. Здоровье Боливара пошатнулось. Каракасец поседел, часто страдал от приступов головной боли и лихорадки. За вспышками энергичной деятельности все чаще наступали периоды упадка, когда Освободитель терял интерес к событиям и проявлял непонятное для окружающих безволие. С каждым днем он становился все более раздражительным и нетерпеливым.

Теперь все чаще навещали каракасца католические прелаты, настраивавшие его против Сантандера и «французских смутьянов». Боливар склонялся к мысли, что церковь и есть та сила, которая поможет ему победить противников. Разве Наполеон, когда наводил порядок во Франции, не обратился за поддержкой к католической церкви? Он поступит так же. Он возвратит церкви ее былые привилегии, взамен священники станут его агитаторами. Простой народ все еще продолжает верить в бога и слушаться священников. Вслед за церковниками к Боливару потянулись противники республиканских порядков, все те, кто мечтал восстановить свое былое влияние, сласть, богатство; среди них было много бывших явных и тайных сторонников испанцев. И они, притворяясь его друзьями, предлагали ему содействие и поддержку в борьбе с Сантандером.

Выборы в учредительное собрание не оправдали ожидании Боливара. В то время как Сантандер и его сторонники не жалели усилий, чтобы обеспечить победу своим людям, Боливар не вмешивался в избирательную кампанию, слепо веря в поражение партии Сантандера. Однако большинство в учредительном собрании получили его противники. Среди избранных депутатов оказался и сам Сантандер. 9 апреля 1828 года учредительное собрание начало свою работу в городе Оканье. Боливар сосредоточил вооруженные силы поблизости от этого места, в селении Букараманге, куда сам перебрался со своим штабом. Освободитель надеялся, что его присутствие в Букараманге воздействует на депутатов и заставит их пойти на уступки. Сознавая, что учредительное собрание, в котором преобладали сторонники Сантандера, даже под угрозой применения силы не одобрит боливийской конституции, Освободитель в своем послании депутатам не настаивал на пожизненном президентстве, но советовал наделить президента всеми атрибутами исполнительной власти и установить централистскую форму правления.

Учредительное собрание отвергло предложения Боливара. Сторонники Сантандера предложили принять конституцию, ограничивавшую власть президента и превращавшую провинции в автономные области. Депутаты намеревались значительно сократить армию и соответственно снизить налоги.

Убедившись, что большинство учредительного собрания настроено к нему недоброжелательно, Боливар решается на государственный переворот. Он приказывает своим друзьям покинуть собрание. Его сторонники организуют в разных городах Колумбии выступления, требуя, чтобы Освободитель провозгласил себя диктатором Колумбии. Боливар возвращается в Боготу и, ссылаясь на волю народа, объявляет учредительное собрание распущенным, себя диктатором, а должность вице-президента отмененной. Он заявляет, что отныне будет оказывать покровительство католической церкви и что «утопические сны о социальном совершенстве» должны уступить место вере в бога. Свое обращение Боливар заканчивал следующими словами:

— Колумбийцы! Я не стану вам говорить о свободе, ибо, если я выполню свои обещания, вы будете более чем свободны — вас будут уважать.