Политика Годунова не пользовалась достаточной популярностью. Она постоянно наталкивалась на глухое сопротивление в среде удельной и боярской знати. Неудивительно, что власти добивались ослабления политического могущества аристократии. В конце 80-х годов казна конфисковала удельные владения ливонской королевны Марии Старицкой, троюродной сестры царицы Марии Нагой. Королевну вынудили принять пострижение и удалиться с малолетней дочерью в монастырь. Царицу Марию Нагую ограничили в правах, а находившееся в ее владении Угличское удельное княжество подчинили контролю московской приказной администрации, направив туда дьяка Михаила Битяговского. У царя Симеона Бекбулатовича отняли титул великого князя Тверского и отобрали тверской удел. Князья Воротынские сохранили свои владения, но им не разрешено было жить в Москве. Помимо удельной знати, гонениям подверглись князья Голицыны и Куракины, нетитулованная старомосковская знать Шереметевы и Бутурлины. «Великих» Морозовых, Яковлевых, Колычевых правитель многие годы не допускал в Боярскую думу.

Раздор Бориса с боярами, недовольство «скудеющих» дворян и городские восстания вызвали к жизни политику, некоторыми чертами напоминавшую опричнину. Современники живо почувствовали опасность. Один из них подробно описал опричные меры Ивана IV против знати и тут же отметил, что подобные средства употребляют ныне Годуновы ради того, чтобы истребить и унизить знатнейшее дворянство. Деятельность Бориса в самом деле приобрела отчетливый антибоярский характер. Но столкновение со знатью все же не привело к повторению опричнины. Воспитанник Грозного смог одолеть бояр без новой опричнины, потому что имел возможность воспользоваться ее плодами. Еще больше он обязан был своим торжеством успехам политической централизации, достигнутой к концу XVI столетия. Без поддержки окрепшего приказного аппарата управления Годунову едва ли удалось бы справиться с всплеском аристократической реакции.

Крестьянская пахота. Миниатюра из "Жития Сергия" 

Показания современников насчет возрождения опричных порядков при Борисе следует признать ошибочными. Своеобразие политического курса Годунова состояло в том, что он отказался от услуг преторианцев — привилегированного охранного корпуса (из рядов которого сам вышел) — и пытался найти более прочную опору во всей массе дворянства.

Автор обширного сочинения о России Джильс Флетчер писал, что русское правительство облагает невыносимыми налогами все сословия, а дворяне и духовенство мирятся с этим, перекладывая бремя податей на плечи простолюдинов. Английский правовед, как видно, глубоко проник в тайны налоговой системы Московии. Свой рассказ Флетчер завершал словами о том, что «купцы и мужики (так называется простой народ) с недавнего времени обременены большими и невыносимыми налогами» и что притеснителями всего государства почитают в Москве Годуновых.

Слова Флетчера находятся в вопиющем противоречии с разъяснениями Посольского приказа насчет податной политики Годунова. В то самое время, когда Лондон опубликовал записки своего московского посла, русские дипломаты в Польше выступили с заявлением о том, что Борис не только даровал народу правосудие, но и освободил его от разорительных налогов и повинностей. По всей стране, «что ни есть земель всего государства, — заявляли послы за рубежом, — [Борис] все сохи в тарханех учинил во льготе, даней никаких не емлют, ни посох ни х какому делу».

В период с 1583 по 1588 г. податной оклад номинально вырос в полтора раза. Низшие сословия никаких особых льгот не получили. Очевидно, приказные руководители имели в виду мероприятия Годунова, затронувшие исключительно высшие сословия.

В отличие от крупных привилегированных землевладельцев, мелкие помещики не пользовались финансовыми льготами и должны были платить в казну подати со всех принадлежавших им поместных земель.