Прошло два месяца, и литовский подканцлер А. Бараковский направил польскому послу в Риме письмо с новыми захватывающими подробностями насчет московского скандала. Суть их сводилась к следующему. Когда царь Федор уехал из Москвы на богомолье в монастырь, царица забеременела от кого-то другого, за что Федор хотел ее постричь в монахини. Брат царицы Борис Годунов из-за сестры поспорил с Федором. В споре царь ударил шурина посохом, а тот несколько раз пырнул Федора ножом. Здоровье царя плохое. Некоторые утверждают, будто великая княгиня хотела отравить мужа, опасаясь, что ее постригут в черницы.

Источником литовской информации были скорее всего клеветнические слухи, обильно распространявшиеся в Москве. Боярам не удалось избавиться от царицы Ирины Годуновой с помощью петиций на имя Федора. Тогда они попытались скомпрометировать ее с помощью злостных слухов. Благочестивую царицу обвинили разом в супружеской неверности, попытке подменить царского ребенка и намерении отравить мужа.

Клеветнические слухи подрывали престиж Годуновых. И прежде не обладавший популярностью Борис стал мишенью всевозможных нападок. Даже доброжелатели правителя не питали иллюзий насчет его будущего. Австрийский посол Варкоч писал в 1589 г.: «Случись что с великим князем, против Бориса снова поднимут голову его противники… а если он и тогда захочет строить из себя господина, то вряд ли ему это удастся».

Честолюбие Годунова восстановило против него ближайших союзников. Главный посольский дьяк Андрей Щелкалов был раздражен его бесцеремонным вмешательством в дела дипломатического ведомства. В 1587 г. королева Елизавета опрометчиво адресовала свое письмо разом обоим правителям — Годунову и Щелкалову. Борис тотчас же выразил неудовольствие и велел передать в Лондон, что непригоже «смешивать» его с дьяком, ибо в том есть «немалая поруха его княжескому достоинству и чести». Андрей Щелкалов сохранял известную популярность в земщине и не желал признать превосходство Годунова. Беседуя с английским послом Флетчером в 1588 г., он заявил, что Борису «всякие дела государственные, о которых делах государство держитца, по… царскому приказу все приказаны». Щелкалов недвусмысленно намекал на то, что Борис является таким же приказным человеком, как и он сам.

Соперничество соправителей приобрело открытые формы и вылилось в кратковременную опалу Щелкалова в 1588 г. Спустя год австрийский посол Варкоч во время своего пребывания в Москве констатировал, что «Андрей Щелкалов больше не в чести, Борис Федорович совсем не благоволит к нему, за дьяком следят и не очень ему доверяют».

В обстановке внутреннего и внешнего кризиса боярская оппозиция вновь подняла голову. В доверительной беседе с Горсеем Борис жаловался на заговор Нагих и присоединившихся к ним Шуйских. Бывшие опричники Нагие и великородные князья Шуйские принадлежали к противоположным полюсам политической жизни. Но и тех и других переполняла вражда к правителю. Наметившаяся изоляция побудила Годунова прибегнуть к насильственному подавлению оппозиции. Репрессии были признаком крайней слабости правительства. По меткому замечанию В. О. Ключевского, московские летописцы верно понимали затруднительное положение Бориса при царе Федоре: оно побуждало бить, чтобы не быть побитым.

Первой жертвой годуновских репрессий стал регент Иван Петрович Шуйский. Преданный правителю дворянин князь Иван Туренин захватил боярина в его вотчине и увез под сильной охраной на Белоозеро. В Кирилло-Белозерском монастыре боярина насильственно постригли в монахи. Монастырь стал местом одновременного заточения двух душеприказчиков Грозного.

Старец Иов Шуйский недолго жил в глухой северной обители.