Кровавые междоусобицы в Бахчисарае дали русским повод к вмешательству в татарские дела. Сын свергнутого крымского хана, Мурат-Гирей, явился в Москву и был принят на царскую службу. Московское руководство упорно помышляло о водворении в Крыму московского вассала. Подготовляя почву для осуществления этих планов, русские препроводили Мурат-Гирея в Астрахань и сосредоточили там военные силы. По личному распоряжению Годунова в Астрахани была спешно сооружена мощная каменная крепость, одна из лучших и государстве. Русские воеводы выстроили острог на Тереке и крепость на переволоке между Доном и Волгой. В честь Ирины Годуновой новый город на Волге получил наименование Царицын. Военные приготовления на Нижней Волге и Северном Кавказе не оставляли сомнений в том, что Москва ждала военного столкновения с Османской империей и готовилась отразить врага.

Конфликт между Россией и Крымом благоприятствовал завоевательным планам ее западных соседей. Баторий приступил к практической подготовке новой восточной кампании. Однако в разгар затеянных военных приготовлений, в конце 1586 г., он умер.

В период польского бескоролевья русская дипломатия предложила избрать на трон Речи Посполитой царя Федора и объединить усилия двух государств в целях разгрома турок и татар. В ходе избирательной кампании победу одержали шведский и австрийский кандидаты на престол. Борьба претендентов принесла успех наследнику шведского престола Сигизмунду III Вазе. Война с Россией стала одним из главных пунктов внешнеполитической программы нового польского короля. Коалиция двух ее сильнейших противников, выигравших Ливонскую войну, возродилась благодаря личной унии двух государств.

Московское правительство попыталось противопоставить польско-шведской коалиции союз с австрийскими Габсбургами. Годунов направил в Вену своего эмиссара Луку Паули. Вслед за тем в Москву прибыл австрийский посол Варкоч. Правитель пригласил его к себе в хоромы. Церемония как две капли воды походила на царскую аудиенцию. Во дворе от ворот до ворот стояла стража. Борисовы дворяне «в платье золотном и в чепях золотных» ждали посла в зале. Австриец поцеловал руку Годунову, после чего вручил личное послание императора.

Годунов попытался убедить Варкоча в необходимости русско-австрийского военного союза и предложил частично покрыть военные расходы империи. В методах личной дипломатии Бориса обнаружились характерные особенности. Предложенные венскому двору субсидии были столь велики, что напоминали поминки по крымскому хану.

Переговоры с австрийцами дали внешней политике Русского государства новую ориентацию. В Западной Европе назревало решительное столкновение между протестантской Англией и католическими Габсбургами. Накануне испанского вторжения Лондон, искавший сближения с Москвой, направил в Россию посла Джильса Флетчера. Годунов придавал большое значение торговле с Англией и в 1587 г. подтвердил права англичан на беспошлинную торговлю в России, чем вызвал негодование московского купечества. Однако уже в 1588 г. он пересмотрел свою проанглийскую политику. Миссия Флетчера 1588–1589 гг. завершилась полным провалом. Московское правительство отклонило домогательства Англии.

Деятельность Годунова оказала заметное влияние на внешнеполитический курс страны. Боярская дума признала этот факт и в 1589 г. вынесла постановление, санкционировавшее личные сношения Бориса с австрийскими и испанскими Габсбургами, Англией и другими государствами Западной Европы. Борис недолго упивался своими дипломатическими успехами. В Москве с запозданием узнали о том, что Австрия уже в марте 1589 г. подписала мирный договор с Речью Посполитой и взяла на себя обязательство не предоставлять никакой помощи России. Планы создания австро-русской коалиции оказались несостоятельными. Политика «личной дипломатии» потерпела неудачу.