Борис не мог допустить срыва переговоров, получивших широкую огласку, и старался закончить их как можно скорее. Боярская дума вторично собралась в царских палатах и окончательно отклонила просьбу Иеремии о «поставлении его патриархом на Москве». Решено было еще раз «посоветовать» с Иеремией о возведении в сан патриарха Иова. Бояре распорядились взять у Иеремии «чин» поставления патриархов и учредить новые митрополичьи, архиепископские и епископские кафедры еще до того, как дума получила формальное согласие патриарха.

13 января 1589 г. Годунов и Щелкалов уведомили Иеремию обо всех предпринятых ими шагах. Беседа длилась долго. Как повествует официальный отчет, «патриарх Иеремия говорил о том и советовал много с боярином с Борисом Федоровичем». В результате патриарх уступил по всем пунктам, выставив единственное условие: чтобы его самого «государь благочестивый царь пожаловал отпустил». Греки капитулировали ради того, чтобы вырваться из московского плена. «В конце концов, — повествует Иерофей, — хотя и не по доброй воле, Иеремия рукоположил патриарха России».

Архиепископ Арсений пишет, будто в переговорах с Иеремией с самого начала участвовало московское духовенство. Источники опровергают эту благочестивую легенду. Власти созвали священный собор после завершения трудных переговоров. Борис Годунов не считал нужным советоваться с «государевыми богомольцами» по поводу выбора кандидата на патриарший престол.

Иеремия представил властям подробное описание церемониала поставления патриарха. В соответствии с обычаем, царю и священному собору предстояло выбрать «втаи» трех кандидатов в патриархи. После этого царь должен был утвердить на высокий пост одного из них.

Такой порядок выборов главы церкви показался московитам неудобным. По настоянию Иеремии они все же согласились провести «тайные» выборы, но на деле вся процедура свелась к чистой формальности. Власти расписали сценарий избирательного собора до мельчайших деталей, включая «тайну» выборов. В соответствии со сценарием Иеремии полагалось провести «тайное» совещание с московскими епископами, после чего «избрати трех… митрополита Иова всеа России, архиепископа Александра новгородского, архиепископа ростовского Варлаама». «Потом, — говорилось в наказе, — благочестивый царь Федор изберет из тех трех одного Иова митрополита… в патриархи». Иеремия беспрекословно выполнил все предписания Годунова относительно «тайны» выборов и 26 января 1589 г. возвел Иова на московский патриарший престол.

Греки надеялись, что теперь-то их отпустят на родину. Но им велели ехать на молитву в Троице-Сергиев монастырь. По возвращении они настоятельно просили отпустить их в Царьград. Правитель отклонил просьбу под тем предлогом, что ехать весною неудобно: плохи дороги. Новая задержка греков была вызвана тем, что в Москве взялись за составление «соборного» постановления об учреждении патриаршества. Собор, будто бы выработавший этот документ, в полном составе едва ли когда-нибудь заседал. В числе участников собора грамота называла Иеремию и Иерофея. Но, по свидетельству Иерофея, грекам на подворье принесли готовую грамоту, которую они не могли понять из-за отсутствия перевода.