Придворная интрига вела Годуновых от успеха к успеху, но они не испытывали уверенности. Кругом летели головы, и дядя с племянником, которым суждено было прожить долгую жизнь, предусмотрительно проявили заботу об устроении души, пожертвовав деньги и землю в родовой монастырь. Родство с царем, на которое Годуновы возлагали большие надежды, не принесло ожидаемых выгод. Евдокия Сабурова прожила с наследником менее года, после чего свекор отослал ее в монастырь. Нить, связывавшая Сабуровых и Годуновых с царской семьей, оборвалась. Несколько месяцев спустя шведская пуля настигла Малюту Скуратова под стенами небольшой крепости в Ливонии. Борис лишился тестя, чья поддержка могла бы обеспечить ему стремительную карьеру.

С отменой опричнины и смертью Малюты жизнь двора претерпела большие перемены. Годуновы готовились к худшему, но им и на этот раз удалось удержаться на поверхности. Они проявляли редкую настойчивость в достижении раз поставленной цели. Не сумев сохранить родства с царевичем Иваном, они решили утвердиться при дворе его младшего брата — царевича Федора. Вступая в пятый брак, царь Иван объявил, что намерен женить младшего сына. Дмитрий Годунов поспешил взять дело в свои руки и сосватал царевичу свою племянницу Ирину Годунову. В облике Федора явственно проглядывала печать вырождения. Его хилое тело венчала непропорционально маленькая голова. Это был умственно неполноценный человек, казавшийся на редкость нежизнеспособным. Но все эти пороки не имели большого значения в глазах постельничего и его племянника.

Опричная армия была частично распущена, частично реорганизована. Преемником опричнины стал «двор». «Дворовую» думу возглавили боярин Василий Умной-Колычев и окольничий князь Борис Тулупов. В состав «дворового» корпуса вошли избранные опричники, прошедшие многократные чистки. В связи с переходом на «дворовую» службу Дмитрий Годунов получил повышение. Царь пожаловал ему думный чин окольничего.

Новое правительство пыталось умиротворить государство, потрясенное опричным террором. Но оно не успело выполнить свою задачу и распалось под влиянием внутренних разногласий. Бояре Колычевы оказались втянутыми в острый местнический конфликт с Годуновыми и Сабуровыми. Дмитрий Годунов затеял тяжбу с Василием Умным-Колычевым, а Богдан Сабуров добился того, что боярин Федор Умной-Колычев был выдан ему головой. Годуновы не успокоились, пока не уничтожили своих противников. Одержимый подозрениями царь Иван приказал казнить своих самых доверенных советников — Василия Умнова и Бориса Тулупова. Первое послеопричное правительство пало.

Переворот принес Борису Годунову прямые выгоды. За некое «бесчестье» он получил вотчину казненного Тулупова. Мы никогда не узнаем, какому оскорблению подвергся Годунов. Но его обидчик полностью оплатил счет, угодив на кол. Со временем Борис постарался избавиться от неправедно нажитого имения. Едва Грозный умер, как он, с благословения Федора, передал тулуповскую вотчину в монастырь. Годунов наказал монахам молиться за погубленных бояр братьев Колычевых, Бориса Тулупова и его мать (княгиня Анна Тулупова погибла вместе с сыном). Борис сделал благочестивое дело, но не было ли в его жесте признания своей вины? В характере Бориса не было ни жестокости, ни склонности к кровопролитию, но он уже начал свое восхождение к вершинам власти…

Борис Годунов и его сестра Ирина. Миниатюра из "Жития митрополита Алексея" 

Царь Иван, разгромив мнимый заговор в «дворовой» думе, занялся организацией новой опричнины, получившей наименование «удела». Он фиктивно передал власть в государстве крещеному татарскому хану Симеону Бекбулатовичу, объявленному «великим князем всея Руси», а себе оставил титул «удельного» князя Московского.