После 15 лет правления Годунов не страшился открытых выступлений и готов был подавить их силой. Но, подверженный суевериям, он чувствовал себя беззащитным перед тайными кознями. Чтобы спастись от «порчи», Борис обязал подданных клятвой на кресте «царя, царицу и детей их на следу никаким ведовским мечтанием не испортить, ведовством по ветру никакого лиха не посылать», «людей своих с ведовством, со всяким лихим зельем и кореньем не посылать, ведунов и ведуней не добывать на государское лихо».

Уже в первые годы царствования Бориса в Москве произошло несколько «колдовских» процессов. Первым заподозрен был в нарушении клятвы боярин Шуйский. В государственном архиве хранилось «дело доводное — извещали княж Ивановы Ивановича Шуйского люди Янко Иванов сын Марков и брат его Полуехтко на князя Ивана Ивановича Шуйского в коренье и в ведовском деле». Дворяне Марковы занимали видное положение в свите Шуйских, и власти дали делу ход. Борис получил повод к расправе со всем родом Шуйских. Но он предпочел проявить снисхождение. Иван Шуйский избежал опалы и даже не был отставлен от службы. Боярина спасло то, что он принадлежал к верхам титулованной знати и не выступал против Бориса в дни междуцарствия.

При коронации Борис обещал править милостиво и никого не казнить. Его добрые намерения не осуществились. Героем первого политического процесса стал близкий родственник нового царя Богдан Бельский.

Летом 1599 г. Бельский возглавил военную экспедицию на Северский Донец. Власти поручили ему основать близ Азова новую крепость, получившую претенциозное название Царев-Борисов.

Царская печать 

Воевода отправился в поход в сопровождении многочисленного «двора» и с огромным обозом продовольствия, собранного в собственных вотчинах. В подчинении Бельского находилось 3 тыс. дворян, стрельцов и казаков. Всю эту армию воевода щедро жаловал деньгами и платьем, поил и кормил из своих запасов. Он добивался популярности и достиг цели: слухи о его щедрости распространились по Москве, и ратные люди повсюду хвалили его.

Забыв об осторожности, Богдан Бельский без всякого уважения отзывался о Борисе, при этом он заявлял: «Пусть Борис Федорович царствует на Москве, а я теперь царь в Цареве-Борисове». Служилые иноземцы поспешили донести о его крамольных речах. Правительство переполошилось, отозвало Бельского из армии и отдало его под суд. После допроса свидетелей суд признал воеводу виновным, Бельский избежал тюремного заточения и казни, но для него изобрели наказание особого рода. «Мятежника» выставили к позорному столбу и лишили чести, выщипав, волос за волосом, всю его длинную бороду. Богдан Бельский потерял думный чин и отправился в ссылку в Нижний Новгород. Знать со злорадством наблюдала за унижением бывшего опричного временщика.

Жертвой гонений стал не один только Богдан Бельский. На протяжении двух-трех лет все, кто активно противился избранию Бориса, либо подверглись прямой опале, либо были понижены в чинах.

Главный думный дьяк Василий Щелкалов к 1600 г. перестал быть печатником. Вместо него Годунов сделал хранителем царской печати своего давнего сподвижника Игнатия Татищева. С лета 1601 г. Щелкалова и вовсе отставили от дел. Современники утверждали, будто дьяк утратил и думные чины, и все имущество. Но, кажется, они были не вполне правы. Прошло три года, и думный дьяк Василий Щелкалов выставил в поле против самозванца полсотни вооруженных воинов из своих обширных вотчин.