Наибольшим преследованиям подверглась семья бояр Романовых. Их дело началось совершенно так же, как и дело Ивана Шуйского. Дворянин Второй Бартенев, служивший в казначеях у Александра Романова, подал царю извет на своего боярина. Он сообщил, будто Романов хранит у себя в казне волшебные коренья и хочет «испортить» царскую семью. Подлинные документы о ссылке Романовых подтверждают, что они стали жертвами «колдовского» процесса. В них процитирована такая речь пристава, обращенная к закованному в железа Романову: «Вы, злодеи-изменники, хотели царство достать ведовством и кореньем». Телохранитель Бориса Конрад Буссов также отметил, что опальных Романовых обвинили в намерении извести царскую семью.

Русские источники дают лишь приблизительные сведения о времени падения Романовых. Заполнить этот пробел помогает вновь найденный источник — дневник польского посольства в Москве.

Полный текст дневника, по-видимому, утерян, однако в Рукописном отделе Публичной библиотеки им. М. Е. Салтыкова-Щедрина в Ленинграде хранится фрагмент его немецкой копии. Наибольший интерес представляет дневниковая запись, датированная 26 октября (2 ноября) 1600 г.

«Этой ночью, — записал один из членов посольства, — его сиятельство канцлер сам слышал, а мы из нашего двора видели, как несколько сот стрельцов вышли ночью из замка (Кремля. — Р. С.) с горящими факелами, и слышали, как они открыли пальбу, что нас испугало». Польские послы наблюдали за нападением правительственных войск на подворье Романовых. «Дом, в котором жили Романовы, — продолжал автор дневника, — был подожжен; некоторых (опальных. — Р. С.) он (Борис. — Р. С.) убил, некоторых арестовал и забрал с собой…».

Польские послы получили не вполне точную информацию относительно судьбы Александра Романова, будто бы казненного десять дней спустя. В действительности этот боярин стал главным обвиняемым в затеянном властями «колдовском» процессе.

По царскому приказу особая боярская комиссия во главе с Михаилом Салтыковым произвела обыск на захваченном подворье и обнаружила в казне Александра волшебные корешки. Найденные улики были доставлены на патриарший двор, где собрались Боярская дума и высшее духовенство. В присутствии их царь велел Салтыкову раскрыть принесенные мешки и «корение из мешков выкласти на стол».

В Боярской думе у Романовых нашлось много противников. Окольничий Салтыков непосредственно участвовал в следствии об их измене. Боярин князь Петр Буйносов-Ростовский распоряжался на опальном дворе Федора Романова после его ареста. Во время разбора дела в думе бояре, по словам близких к Романовым людей, «аки зверие пыхаху и кричаху». Будучи в ссылке, Федор Романов с горечью говорил: «Бояре-де мне великие недруги, искали-де голов наших, а ныне-де научили на нас говорити людей наших, а я-де сам видел то не одиножды». Романовы имели все основания жаловаться на знать, заседавшую в Боярской думе. Княжеская аристократия давно выражала недовольство чрезмерным возвышением Романовых и теперь помогла Борису избавиться от них.

Братьев Романович обвинили в тягчайшем государственном преступлении — покушении на жизнь царя. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Борис долго колебался, не зная, как ему поступить с Никитичами. Опальные оставались в столице в течение нескольких месяцев. Наконец их судьба решилась. Федора Романова постригли в монахи и заточили в отдаленный северный монастырь. Его младших братьев отправили в ссылку.

Александр, Михаил, Василий Романовы умерли в изгнании. Их смерть поспешили приписать тайному указу царя. На самом деле удивительна была не погибель ссыльных, а то, что некоторые из них уцелели. Осужденных кормили скудной пищей и везли за тысячи верст в Сибирь либо на берег Студеного моря при совершенном бездорожье, в тяжких цепях, нередко в лютые морозы.