Борис проявлял живой интерес к просвещению и культуре, к успехам западной цивилизации. При нем иноземцев в Москве было больше, чем когда-нибудь прежде. Борис любил общество иноземных медиков, обосновавшихся при дворе, и подолгу расспрашивал их о европейских порядках и обычаях. Новый царь зашел столь далеко в нарушении традиций, что сформировал из наемников-немцев отряд телохранителей.

Годунов первым из русских правителей отважился послать нескольких дворянских «робят» за границу «для науки разных языков и [обучения] грамоте». При нем власти проявляли заботу о распространении книгопечатания, вследствие чего во многих городах были открыты типографии. Борис вынашивал планы учреждения в России школ и даже университета по европейским образцам.

Годунов проявлял исключительную заботу о благоустройстве столицы, строительстве и укреплении пограничных городов. При нем в жизнь Москвы вошли неслыханные ранее технические новшества. Русские мастера соорудили в Кремле водопровод с мощным насосом, благодаря которому вода из Москвы-реки поднималась «великой мудростью» по подземелью на Конюшенный двор. Заимствовав псковский опыт, Борис устроил первые в столице богадельни. В Кремле, подле Архангельского собора, он приказал выстроить обширные палаты для военных приказных ведомств, в Китай-городе, на месте сгоревших торговых рядов, — каменные лавки. Мастера заменили старый, обветшавший мост через Неглинную новым, широким, по краям которого располагались торговые помещения. На Красной площади выросло каменное Лобное место с резными украшениями и решетчатой дверью.

Строительство превратилось в подлинную страсть Годунова. По его приказу мастера надстроили столп колокольни Ивана Великого и приступили к возведению грандиозного собора «Святая святых», призванного украсить центральную площадь Кремля. Модель собора была готова, и строительные материалы свезены на площадь. Смерть Бориса, однако, помешала осуществлению его замысла.

Благодаря покровительству Годунова развернулся талант замечательного русского архитектора Федора Коня. Под руководством Коня русские строители опоясали Китай-город мощными укреплениями. На Красной площади, подле старой кремлевской стены, вдоль рва, поднялась вторая, зубчатая, стена. Федор Конь руководил возведением каменного града в Астрахани и грандиозных крепостных сооружений в Смоленске. Борис сам заложил смоленскую крепость, в сооружении которой участвовали «все города Московского государства», Крепость, снабженная 38 башнями, стала самым мощным оборонительным форпостом на западных рубежах страны.

Как истинный сын своего времени Годунов сочетал интерес к просвещению с верой в чудеса. Впрочем, в те времена этому была подвержена не только Россия, но и Западная Европа. Усомнившись в искусстве врачей, Борис искал помощи у колдунов и знахарей. Еще чаще он прибегал к средству, на которое всегда уповали благочестивые люди Древней Руси: усердно молился и ездил на богомолье в святые места. Благочестие сослужило правителю плохую службу. Однажды, отчаявшись, он велел напоить больного сына «святой» водой и в сильную стужу отнес его в храм Василия Блаженного. Так умер первенец Бориса, который со временем мог наследовать трон.

Несколько любопытных штрихов к биографии Годунова прибавляет история с женихом царевны Ксении герцогом Гансом Датским. Призванный в Москву в 1602 г. герцог опасно занемог. Обеспокоенный Борис прислал к датчанину всех своих докторов, но четыре дня спустя неожиданно запретил им посещать больного и отменил все назначенные ими процедуры.

На основании этого эпизода летописцы возложили на Бориса ответственность за смерть герцога. Но их версия страдает многими несообразностями.