Шаг за шагом правительственные войска, продвигаясь вслед за казаками, строили средь «дикого поля» новые городки и укрепления. Степные воеводы верстали колонистов на службу и обязывали их пахать государеву пашню. На следующий год после коронации Борис, как мы помним, послал в глубь казачьих земель крупные военные силы для основания города Царева-Борисова. Новая крепость отстояла уже на сотни верст от старых русских рубежей. Зато из нее открывались кратчайшие пути к Раздорам. Противостояние крепости с царским именем и казачьей столицы имело некий символический смысл. Название крепости показывало, что взаимоотношения с казачеством стали для Бориса не только предметом постоянного беспокойства, но и вопросом престижа.

Казачье войско не могло существовать без подвоза боеприпасов и продовольствия из России. Стремясь подчинить казачью вольницу, Годунов запретил продажу пороха и продовольствия на Дон и стал преследовать тех, кто нарушал строгий указ. Царь Борис сознавал, какую опасность таит в себе бурлящая окраина. Но предпринятые им попытки стеснить казачью вольность обернулись против него самого. Открытое восстание казаков ускорило крестьянскую войну.

Городские движения, пережив подъем в 80-х годах, пошли затем на убыль. Борис не жалел средств, чтобы привлечь на свою сторону верхи посадской общины. По случаю коронации он предоставил столичному посаду всевозможные льготы. Купцы, державшие в своих руках торговлю с Востоком через Астрахань, освобождены были на два года от торговых пошлин. Со столичных жителей сложили подати. Нуждающимся вдовам и сиротам роздали деньги, платье и припасы. Аналогичных милостей удостоился второй по величине посад — Великий Новгород. Царь Борис на время «отарханил» свою «отчину — великое государство Великий Новгород», отменил денежные поборы с посадских дворов, мелких промыслов и торгов. Новгородские торговые люди получили право «повольно ездить» для торга в Москву и ливонские города. Власти освободили посад от казенной виноторговли и закрыли царские кабаки в городе. Годунов обещал народу позаботиться о том, чтобы «все посадцкие люди жили в покое, и в тишине, и в благоденственном житье, и тесноту б им, и убытков, и продаж ни от кого ни в чем не было».

Политика в отношении городов определялась тем, что в годы разрухи посады пришли в упадок и обезлюдели. Чтобы возродить городскую жизнь, власти должны были прибегнуть к экстренным мерам, получившим наименование «посадского строения».

В законодательном материале «посадское строение» не отразилось, как и многие другие годуновские нововведения. Это затрудняет его оценку. Отрывочные данные о разных городах помогают обнаружить лишь общее направление политики Годунова. В Болхове, Кореле и Ростове власти предпринимали попытки вернуть на посад старых тяглецов, ушедших на помещичьи земли и переселившихся в городские дворы феодалов, или, как тогда говорили, «заложившихся» за дворян. В Казани и Зарайске администрация конфисковала и приписала к тяглу несколько монастырских слобод, во Владимире пополнила посад крестьянами патриаршей слободы, в Калуге «збирала» на посад оброчных крестьян из монастырских и дворцовых владений.

Возрождение платежеспособной тяглой общины в городах отвечало интересам казны и одновременно требованиям влиятельной купеческой верхушки. Власти не забыли о московских волнениях первых лет правления Федора и с помощью уступок старались предотвратить их повторение. «Черный посад» нес немалые убытки из-за конкуренции со стороны «белослободчиков», живших на городских землях феодалов и имевших податные льготы. Поэтому тяглый посад добивался признания за ним исключительного права на занятие торгами и промыслами. Правительство по временам прислушивалось к голосу посадских людей.