В связи с коронацией Бориса власти объявили о налоговых послаблениях. Служивый иноземец Конрад Буссов писал, будто царь освободил от податей всю свою землю сроком на год. Однако Буссов писал с чужих слов — его рассказу едва ли можно доверять. В действительности правительство проводило дифференцированную политику в отношении различных групп податного населения. Многочисленное деревенское население смогло воспользоваться податными льготами в значительно меньшей степени, чем немногочисленное городское. Преимущество получили местности, остро нуждавшиеся в них. Так, разоренный дотла Корельский уезд, незадолго до того возвращенный Швецией России, был освобожден от налогов на 10 лет. В ответ на многолетние просьбы сибирских вогулов Борис велел сложить с них ясак на год, а в будущем уравнять обложение, «как кому можно впредь платить без нужи, чтоб впредь состоятельно и прочно и без нужды было». Среди сибирских татар и остяков облегчение получили только старые и «худые» ясачные люди.

Льготы, предоставленные отдельным местностям, быстро исчерпали себя. Крестьяне стонали под тяжестью государевых податей. Налоговый гнет разорял деревню.

В начале XVII в. сельское хозяйство пришло в упадок под влиянием стихийных бедствий. В аграрной России сельскохозяйственное производство отличалось крайней неустойчивостью и в огромной мере зависело от погодных условий. Изучение климатических изменений привело ученых к выводу, что на протяжении последнего тысячелетия самое крупное похолодание произошло во второй половине XVI — начале XVII в. В различных уголках Европы, от Франции до России, земледельцы сталкивались с одними и теми же явлениями: сокращением продолжительности теплых летних сезонов, необычайными морозами и обильными снегопадами. Климатические перемены не были столь значительными, чтобы вызвать общее снижение сельскохозяйственного производства. Но некоторые области Европы на рубеже веков пережили аграрную катастрофу.

Ухудшение климатических условий совпало в ряде стран с нарушением погодных циклов. На каждое десятилетие приходились обычно один-два плохих и один крайне неблагоприятный в климатическом отношении год. Как правило, плохие годы чередовались с хорошими, и крестьяне компенсировали потери из следующего урожая. Но когда бедствия губили урожай на протяжении двух лет подряд, мелкое крестьянское производство терпело крушение.

В начале XVII в. Россия испытала последствия общего похолодания и нарушения погодного цикла. Длительные дожди помешали созреванию хлебов во время холодного лета 1601 г. Ранние морозы довершили беду. Крестьяне использовали незрелые, «зяблые», семена, чтобы засеять озимь. В итоге на озимых полях хлеб либо вовсе не пророс, либо дал плохие всходы. Посевы, на которые земледельцы возлагали все свои надежды, были погублены морозами в 1602 г. В 1603 г. деревне нечем было засевать поля. Наступил страшный голод.

По обыкновению цены поднимались к весне. Нечего удивляться, что уже весною 1601 г. «хлеб был дорог». Через год рожь стали продавать в 6 раз дороже. Затем эта цена поднялась еще втрое. Не только малоимущие, но и средние слои населения не могли покупать такой хлеб.

Исчерпав запасы продовольствия, голодающие принялись за кошек и собак, а затем стали есть траву, липовую кору, трупы людей. Голодная смерть косила население по всей стране. Трупы валялись по дорогам. В городах их едва успевали вывозить в поле, где закапывали в большие ямы. Только в Москве власти за время голода погребли в трех больших «скудельницах» (на братских кладбищах) 120 тыс. мертвых. Эту цифру приводят в своих записках и иноземцы (Я. Маржарет) и русские писатели (А. Палицын). Современники считали, что в голодные годы вымерла «треть царства Московского».

К чести годуновской администрации надо заметить, что она с первых дней оценила опасность и всеми средствами пыталась предотвратить массовый голод.