Краткая история создания храма-колокольни такова. В 1329 году на этом месте была построена церковь Святого Иоанна Лествичника «иже под колоколы». В 1505 году старая церковь была разобрана, и к востоку от неё приглашённым итальянским мастером Боном Фрязином была сооружена новая церковь в память об умершем в тот год Великом князе Московском Иоанне III. Строительство было закончено в 1508 году. «Того же лета [1508 год] свершиша церковь святаго Архангела Михаила на площади и Иоанн святый иже под колоколы и Иоанн святый Предтеча у Боровитских ворот, а мастер церквам Алевиз Новый, а колоколници Бон Фрязин».

В 1532–1543 годах зодчий Петрок Малый пристроил с северной стороны церкви прямоугольную звонницу с храмом Вознесения Господня, которая была полностью перестроена и приобрела вид, близкий к современному.

В 1600 году при Царе Борисе Годунове предположительно «государевым мастером» Фёдором Конём к двум ярусам колокольни Иоанна Лествичника был достроен ещё один, после чего колокольня приобрела настоящий вид. Завершение строительства отмечала не «золотая доска», а надпись золотыми буквами под куполом колокольни, сохранившаяся доныне: «Изволением святой Троицы повелением великого Государя Царя и Великого князя Бориса Федоровича всея Руси Самодержца и сына его благоверного Великого Государя Царевича князя Фёдора Борисовича всея Руси сей храм совершен и позлащен во второе лето государства их».

Надстройка колокольни была связана с готовившимся Борисом Годуновым возведением в Кремле храма Святая Святых — Новоиерусалимского собора, повторявшего храм Гроба Господня в Иерусалиме, который должен был располагаться к северу от «столпа» колокольни, на месте нынешней звонницы. Проект осуществлён при Царе Борисе не был. Только при шестом Патриархе (1652–1666) Никоне и Царе Алексее Михайловиче в 1656 году на реке Истре под Москвой начали возводить Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, долженствующий воссоздать главные контуры Святой Земли и стать Русской Палестиной.

Все указанные вины Царя Бориса носят какой-то нарочитый, несерьезный характер. Лишний раз только можно убедиться, что, как написал историк С. Ф. Платонов, все «улики против Бориса слишком шатки »^^^ Но при этом обвинения-то слишком громогласны и слишком серьезны. Помимо «дела Царевича Дмитрия» существовало и ещё одно «дело», в котором многие видели, а некоторые и до сего дня видят проявление «низменной человеческой природы Годунова»; одну из главных его «вин». Речь идёт о так называемом «деле Романовых».

Перед Борисом Годунов после воцарения постоянно возникал вопрос об укреплении свой власти, чего невозможно было сделать без обуздания боярского своеволия. Он, конечно же, прекрасно знал, как боярские спесь, непослушание, корыстолюбие, «многомятежные хотения» умел подавлять Царь Иоанн Грозный. Сколько в его правление именитых и родовитых лишились и имущества, и крова, и свободы, и жизни. В конце же своего правления он так всех «приструнил», что «люди высокой чести», что называется, и пикнуть не смели. Сам, пройдя тяжёлую и опасную «школу Иоаннову», Борис Годунов не хотел подобной участи не только для своей семьи, но и для других.

Третий Царь намеревался добиться веры и верности не через страх, а по доброй обязанности, по согласию, через миролюбие и взаимное расположение. Ведь все крест целуют и клятвы дают, всё перед Лицом Божиим присягают, и исполнять обеты обязаны по доброй воле. Но очень быстро выяснилось, что доброе сердце и незлобивые помыслы Царя только разнуздывают старые инстинкты. Он не желал прибегать к казням, хотя это было неотъемлемое право Самодержцев, но и оставлять без последствий боярскую «оппозиционность» он не имел права.

Необходимо ещё раз подчеркнуть, что до нас дошло очень мало материалов и свидетельств, раскрывающих время, так сказать, «в прямом отражении».