Семья Фёдора Никитича могла считаться образцовой: богатая, благочестивая, известная; дом был хлебосольным, что называется, «полная чаша ». Романовым было чем гордиться; у самого Царя они «первые гости» и «первые советники». Однако в ноябре 1600 года наступил полный крах. Всех Романовых арестовали, имущество конфисковали, а самих разослали по разным местам и монастырям. Несколько месяцев они провели в Москве под следствием, а в 1601 году Ксению Ивановну сослали в Заонежье в село Толвуя на берегу Онежского озера и принудили принять постриг под именем Марфы. Фёдора же Никитича отправили в Антониев-Сийский монастырь под Архангельском, где он принял постриг с именем Филарета. Двоих детей — Татьяну и Михаила — разлучили с родителями, и их на попечение взяла тётка — княгиня Марфа Никитична Черкасская.

Подобная же участь была уготована и другим Никитичам, а также и их родственникам: Сицким, Черкасским, Шестуновым, Карповым. Никто из них не был казнен, но из Никитичей только двое — Фёдор и Иван — пережили опалу, остальные умерли, но не по вине Бориса Годунова, хотя его в этом потом и обвиняли. Как заключал С. Ф. Платонов, «до нас дошло любопытное дело о ссылке Романовых; в нём имеется инструкция Царя, чтобы со ссыльными боярами обращались мягко и не притесняли их. Этот документ отлично оправдывает Бориса от излишних обвинений в жестокости во время его царствования...

Все эти кары и опалы выглядят неоправданными или, по крайней мере, необъяснимыми. Первоначально Романовы никаких личных властных поползновений внешне не выказывали и совершенно безоговорочно подписали Грамоту об избрании Бориса Годунова, принеся все клятвы, по сему поводу полагающиеся. Казалось бы, что же случилось? Почему Царю через два года после коронования понадобился разгром боярского клана? Несмотря на показную «тихость», боярское самомнение никуда не делось; чваниться своей «родовой честь » оставалось в порядке вещей. Здесь самое время привести точку зрения самих Романовых, которую отразил «Новый летописец», включающий отдельную главу: «О Фёдоре Никитиче с братьями». Это довольно пространный текст, который будет воспроизведён в обширном фрагменте, так как там содержатся важные детали и обмолвки, помогающие приблизиться к разгадке всего «дело Романовых».

«Царь же Борис, помышляя себе, что извёл царский корень, повелев убить Царевича Дмитрия, а потом и Государь Царь Фёдор Иванович преставился, желая царских последних родственников извести: братьев Царя Фёдора Ивановича Фёдора Никитича с братьями, а родство их ближнее — Царица Анастасия да Никита Романович от единых отца и матери; от Царицы Анастасии Романовны Царь Фёдор Иванович, а от Никиты Романовича — Фёдор Никитич с братьями. Царь же Борис не мог их видеть, желая оставшийся царский корень извести, и многих подучал людей их на своих господ донести; и по тем доносам хватал у них [Романовых] людей многих, которые за них стояли, и пытал их разными пытками; они же на государей своих ничего не говорили, терпели за своих государей в правде, не ведая за государями своими ничего [худого]. Потом же вложил враг [умысел] в раба в Александрова человека Никитича во Второго Бартенева.

Тот же Второй был у Александра Никитича казначеем и замыслил, яко же в древности окаянный Яким Кучкович^^^ умыслил на государя своего на князя Андрея Боголюбского, и пришел к братии своей со словами: “Идем, убьем государя своего, князя Андрея”, — так и свершилось; так же и сей окаянный Второй пришел тайно к Семену Годунову^^^ и возвестил ему: “Что Царь повелит сделать над государями моими, то и сотворю”.