В 1982 г. в творческой биографии Ю.В.Андреева произошел достаточно неожиданный поворот. По приглашению своего друга со студенческих лет, археолога Л.П.Хлобыстина, бывшего в те годы заместителем заведующего Ленинградским отделением Института археологии АН СССР, Ю.В.Андреев принял участие в конкурсе на замещение вакантной должности старшего научного сотрудника в Группе античной археологии этого института. 18 ноября 1982 г. он прошел по конкурсу и был зачислен в штат этого академического учреждения. Приход столь крупного историка в Группу античной археологии существенно укрепил антиковедческое направление исследований Института в целом. 1 июля 1986 г. Ю.В.Андреев занял должность заведующего Группой античной археологии ЛО ИА АН СССР и этим академическим подразделением он бессменно руководил более двенадцати лет. В Ленинградском отделении Института археологии (переименованного в 1991 г. в Институт истории материальной культуры РАН) Ю.В.Андреев создал ряд интереснейших работ по истории и археологии древнего мира. Среди них две книги - «Островные поселения Эгейского мира в эпоху бронзы» (Л., Наука, 1989) и «Поэзия мифа и проза истории» (Л., Лениздат, 1990), раздел по истории архаической Греции в первом томе «Истории Европы» (М., Наука, 1988), а также написанный совместно с Л.П.Маринович, Г.А.Кошеленко и В.И.Кузищиным учебник «История Древней Греции» (М., Высшая школа, 1986). В эти годы он публикует десятки научных статей в журналах «Вестник древней истории» (где он с 1989 г. стал членом редакционной коллегии), «Советская археология» и «Краткие сообщения Института археологии». Под руководством Ю.В.Андреева в Отделе истории античной культуры ИИМК РАН был подготовлен большой коллективный труд «Греки и варвары в Северном Причерноморье», который в настоящее время переводится на немецкий язык и готовится к изданию в Германии. Организационная, научная и преподавательская деятельность Ю.В.Андреева в ИИМК РАН получила соответствующее признание. В феврале 1991 г. Высшая аттестационная комиссия при Совете министров СССР присвоила ему звание профессора археологии.

Последние полтора года жизни Ю.В.Андреева оказались более тесно связанными с работой в Государственном Эрмитаже. Музей истории мировой культуры, с которым у каждого петербуржца существует своя неразрывная связь, всегда занимал особое место в личной судьбе Юрия Викторовича. В 1996 г. Дирекция Эрмитажа пригласила его принять участие в подготовке международной выставки «Шлиман - Петербург - Троя». К этой работе он отнесся с большим вдохновением. В короткий срок им были написаны специальные разделы будущего научного каталога, в которых он рассказывал об отражении реальных исторических событий в предании о Троянской войне и о месте Гиссарлыкского археологического комплекса в системе эгейских культур и цивилизаций бронзового века. Закончив эти разделы, Ю.В.Андреев принялся за написание новой книги, в которой хотел изложить свою концепцию истории Средиземноморья от момента зарождения культур эпохи бронзы Эгеиды до периода расцвета архаической Греции. За работой над первыми главами новой книги его настигла внезапная смерть...

Ю.В.Андреев был удивительным и очень оригинальным человеком. Он был поразительно скромен, всегда стремился держаться просто и неприметно. Внешне он казался молчаливым, аскетичным и малодоступным. И в то же время, практически все, кто соприкасался с ним ближе, неизменно отмечали его неисчерпаемую доброту и дружелюбие. Невозможно себе представить этого человека повышающим на кого-либо голос или, что называется, «вышедшим из себя». Но и нельзя было бы назвать его аморфным человеком. Изумительной чертой Юрия Викторовича было мастерское владение своей речью. Говорил он, действительно, кратко, даже с некоторой нарочитой задержкой каждого слова, но это были признаки силы, вложенной в слова мысли. Речь его была всегда образной, насыщенной по содержанию, и в то же самое время - простой, доступной и ироничной.