Ознакомившись с росписью царского «жалова­ния», Никон собственноручно сократил ее, ирониче­ски заметив в послании к царю: «А по твоей росписи многих запасов в здешних странах не водится». Впрочем, и со скидкой на реальные возможности по­ставщиков содержание Никона в ссылке мало чем отличалось от прежде бывшего, патриаршьего. Царь слал ему соболей на шубу и рукавицы, плотники строили в монастыре поварни, житницы и погреба для разнообразных припасов.

Постепенно Никон стал фактическим хозяином монастыря. Не только игумен, но и карауливший Ни­кона пристав побаивались его тяжелой руки. Ссыль­ный патриарх не терял своей обычной самоуверенно­сти, надеялся на скорое прощение. Он жадно ловил доходившие из Москвы слухи, вопреки запрету при­нимал и отправлял в разные места своих тайных сто­ронников. Однако прощение не приходило.

Никон писал царю то грозные, то жалобные пись­ма. Потеряв терпение, он сочинил даже донос на не­которых бояр, которые якобы хотят «очаровать» ца­ря. Окруженный многочисленной прислугой, Никон, чтобы предстать в роли мученика, сам таскал воду в келью и колол дрова. С прежней жестокостью он приказывал бить «дубьем» провинившихся перед ним монахов.

Честолюбие не давало покоя низложенному иерар­ху. В окрестностях монастыря он поставил несколь­ко огромных крестов с надписью: «Никон, божиею милостию патриарх, поставил сей крест Христов, бу­дучи в заточении в Ферапонтове монастыре» .

Враги Никона вскоре нащупали верный способ ухудшить его положение. В 1668 г. царю донесли, что Никон имеет сношения с мятежными донскими каза­ками, которые обещают освободить его и вновь возвести на патриарший престол. Один из ферапонтов-ских монахов донес, будто Никон собирается бежать из обители и даже поднять народ на свою защиту. И без того напуганный постоянными народными вол­нениями царь повелел впредь не выпускать Никона из кельи и усилить охрану. Лишь после подавления восстания Степана Разина царь вновь смягчил содер­жание бывшего патриарха.

Теряя надежды, Никон утрачивал и привлека­тельные стороны своего характера. Он превратился в мелкого склочника, брюзгу, вечно недовольного окружающими. Постепенно теряя рассудок, он жа­луется царю, что ему не дают покоя черти, которых подсылает к нему в келью архимандрит соседнего Кириллова монастыря.

29 января 1676 г. царь Алексей Михайлович скончался. Незадолго до смерти он послал к Никону за «разрешительной грамотой» — своего рода ин­дульгенцией, прощением грехов. Никон отказался на­писать царю такую грамоту.

Новый царь Федор Алексеевич распорядился пе­ревести Никона под строгий надзор в Кирилло-Бело-зерский монастырь. Там он жил с лета 1676 до лета 1681 г., когда ему разрешено было вернуться в свой любимый Воскресенский монастырь. Однако прибыл он туда уже в гробу: по дороге, в Ярославле, бывший патриарх  занемог  и   17  августа   1681   г.  скончался.

Падение Никона не означало полного поражения церкви в ее борьбе за сохранение экономического мо­гущества и влияния на политические дела. Напротив, уже в 1667 г. высшие иерархи добились упраздне­ния ненавистного им Монастырского приказа, изгна­ния светских чиновников из системы церковного суда. Патриаршьи владения вновь стали расширяться. Зримым воплощением «контрнаступления» церкви в 70—80-е годы XVII в. стал выстроенный в этот период ростовский «Кремль» — роскошная резиденция ро­стовского митрополита Ионы, духовного наследни­ка идей Никона.

Весьма знаменательна судьба института патриар­шества в России в последней трети XVII — начале XVIII в. По мере укрепления российского абсолютизма привилегии и амбиции патриархов все чаще стали раздражать самодержца. Временами между царем и главой церкви возникали отношения «двух медведей в одной берлоге».