Пока шли переговоры с православным Востоком, в Москве дьяки усердно собирали всякого рода улики и обвинения против патриарха. Его уличали в бес­чинствах, жестокостях, незаконном присвоении иму­щества различных церквей и монастырей.

18 декабря 1664 г. Никон неожиданно явился в Москву, во время службы вошел в Успенский собор и занял патриаршье место. Находившееся в храме духовенство во главе с ростовским митрополитом Ионой подошло к нему за благословением как к гла­ве церкви.

Приезд Никона был вызван дошедшими до него слухами о том, что царь якобы более всего желает примириться с патриархом, но не может первым пой­ти на соглашение. Однако слухи и уверения москов­ских друзей Никона оказались ложными. По приказу Алексея Михайловича Никон был выдворен из Моск­вы и вновь помещен в Воскресенский монастырь.

Весной 1666 г. в Россию прибыли два патриар­ха — Макарий Антиохийский и Паисий Александрий­ский. Они ехали в Москву южным путем, через Астрахань и далее вверх по Волге. Повсюду соглас­но царскому указу им устраивали самую торжест­венную встречу. В ноябре 1666 г. в Москве началось соборное слушание обвинений против Никона. Глав­ное обвинение царь, обращаясь к восточным патриар­хам, сформулировал так: Никон «писал в грамоте к константинопольскому патриарху, будто все право­славное христианство (т. е. русская церковь.—Н. Б.) от восточной церкви отложилось к западному косте­лу». Сильное выражение, употребленное сгоряча все­гда не сдержанным на слова Никоном, было, таким образом, представлено как позиция, как сознательная хула на все российское православие. Никону напом­нили также и то, что он в некоторых письмах назы­вал себя «бывшим патриархом».

Собор постановил лишить Никона патриаршества.

12 декабря 1666 г. над ним был совершен соответ­ствующий обряд. Однако введенные им новые цер­ковные книги и обряды, распространение которых в 1658—1666 гг. в связи с опалой на Никона приоста­новилось, были торжественно утверждены собором. Противники реформы, «раскольники», были прокля­ты. Их предводители, протопопы Аввакум, Никифор и Лазарь, дьякон Федор, соловецкий монах Епифа-ний, после долгих допросов и мучений были отправ­лены под конвоем в Пустозерский острог. Одно из са­мых «потаенных» мест России, острог находился в низовьях Печоры, недалеко от современного города Нарьян-Мара.

10 февраля 1667 г. патриархом стал Иоасаф II (1667—1672), занимавший прежде пост архимандри­та Троице-Сергиева монастыря. Что до Никона, то он был отправлен простым монахом в Ферапонтов мона­стырь, знаменитый и ныне сохранившимися там рос­писями великого художника средневековой Руси Дионисия. Этот монастырь основан был в лесах Белозерья еще в конце XIV в. соратником Кирилла Белозерского иноком Ферапонтом. В 1500 г. собор монастыря был расписан Дионисием.

Низложенному патриарху было запрещено писать кому-либо, кроме царя, и даже общаться с посторон­ними. Однако царь, не желая превращать Никона в «мученика», а также памятуя об их былой близости, приказал приставам и монастырским властям содер­жать его с честью и в полном довольстве. По цар­скому указу белозерские монастыри обязаны были ежегодно поставлять к столу Никона и его окружения «15 ведр вина церковного, 10 ведр романеи, 10 ренского, 10 пуд патоки на мед, 30 пуд меду-сырцу, 20 ведр малины на мед, 10 ведр вишен на мед, 30 ведр уксусу, 50 осетров, 20 белуг, 400 теш межу­косных, 70 стерлядей свежих, 150 щук, 200 язей, 50 лещей, 1000 окуней, 1000 карасей, 30 пуд икры, 300 пучков вязиги, 20 000 кочней капусты, 20 ведр огурцов, 5 ведр рыжиков, 50 ведр масла конопляного, 5 ведр масла орехового, 50 пуд масла коровья, 50 ведр сметаны, 10 000 яиц, 30 пуд сыров, 300 лимонов, пол­пуда сахару головного, пуд пшена сорочинского, 10 фунтов перцу, 10 фунтов инбирю, 5 четвертей лу­ку,     10 четвертей    чесноку,     10  четвертей    грибов, 10 четвертей репы, 5 четвертей свеклы, 500 редек, 3 четверти хрену, 100 пуд соли, 60 четвертей муки ржаной, 20 четвертей пшеничной, 50 четвертей овса, 30 четвертей муки овсяной, 30 четвертей ячменю, 50 четвертей солоду ржаного, 30 ячного, 10 овсяного, 15 четвертей круп гречневых, 50 четвертей овсяных, 3 четверти проса, 12 четвертей гороху, 5 четвертей се­мени конопляного, 20 четвертей толокна, да работни­кам 40 стягов говядины, или 150 полоть ветчины».