Этой декларацией Никон практически перекрыл правительству путь к избранию нового патриарха. Царь медлил, колебался, не зная, как поступить. В 1659 г. Никон приезжал в Москву, посетил царя и царицу, устроил обед для нищих и сам, следуя при­меру Христа, омывал им ноги. В беседах с народом Никон осуждал неудачную войну с Польшей. В кон­це концов он был выслан из столицы по распоряже­нию царя и уехал на богомолье в Крестный мона­стырь на Белом море.

Желая избавиться от Никона, правительство в феврале 1660 г. созвало церковный собор. Русские иерархи, а также случившиеся тогда в Москве три греческих епископа постановили лишить Никона пат-риаршьего сана. Однако ученый киевский монах Епифаний Славинецкий, живший в Москве и почи­тавшийся главным авторитетом в вопросах канони­ческого права, заявил, что низложение Никона таким составом собора противозаконно. «Тишайший» царь не решился нарушить заветы «отцов церкви», и дело надолго зашло в тупик.

Вернувшись с Севера, Никон вновь поселился в Воскресенском монастыре. Отсюда он в 1661 г. напи­сал царю гневное послание, в котором приоткрылись главные точки столкновения сторон. Поводом для письма послужил арест монастырских крестьян, за­хвативших по приказу патриарха ряд угодий, на ко­торые претендовал соседний помещик Роман Бобо-рыкин. Нарушив традиционный судебный иммунитет патриаршьих вотчин, царские приставы своими дей­ствиями вызвали у Никона взрыв бессильной ярости. «Откуда  ты  такое дерзновение  принял — сыскивать о нас и судить нас? — язвительно вопрошает Ни­кон.— Какие законы божии велят обладать нами, бо-жиими рабами? Не довольно ли тебе судить вправду людей царства мира сего?.. Всем архиерейским рука твоя обладает: страшно молвить, но терпеть невоз­можно, какие слухи сюда доходят, что по твоему указу владык посвящают, архимандритов, игумнов, попов ставят и в ставленных грамотах пишут равно-честна святому духу так: по благодати святого духа и по указу великого государя... К тому же повсюду, по святым митрополиям, епископиям, монастырям, безо всякого совета и благословения, насилием бе­решь нещадно вещи движимые и недвижимые...» В запале полемики патриарх поднимается до обличе­ний социального характера. Он пишет царю: «Ты всем проповедуешь поститься, а теперь и неведомо кто не постится ради скудости хлебной; во многих местах и до смерти постятся, потому что есть нечего. Нет никого, кто бы был помилован: нищие, слепые, хромые, вдовы, чернецы и черницы — все данями об­ложены тяжкими, везде плач и сокрушение, везде стенание и воздыхание, нет никакого веселящегося во дни сии» .

Осенью 1662 г. Никон написал «Возражения» на ответы греческого митрополита Паисия боярину Се­мену Стрешневу. В своих ответах заезжий иерарх осуждал Никона за властолюбие и требовал его низ­ложения. Именно здесь, в «Возражениях», Никон наиболее четко сформулировал свой главный тезис — «священство более есть царства» . Эта идея, лежа­щая в основе теократических притязаний всех воин­ствующих церковников средневековой Руси, была высказана Никоном с предельной откровенностью: священство выше царства, так же как небо выше зем­ли; власть архиерея — солнце, царская власть — «меньшее светило», месяц, светящий отраженным светом; власть царская — капля дождя, тогда как власть архиерейская — дождевая туча.

В 1663 г. царь отправил доверенного человека, грека Мелетия, к восточным патриархам с вопроса­ми относительно наказания иерарха за различные проступки.