Летом 1654 г. Никон занялся исправлением икон. По его приказу были отобраны у населения иконы, отличавшиеся некоторым реализмом. Это «живство», популярное тогда среди московских иконников, Ни­кон объяснял пагубным влиянием «латинства». Он приказал выколоть глаза изображенным на таких иконах святым или же соскоблить и переписать за­ново лики. Случилось так, что в это время в Москве вспыхнула сильная эпидемия чумы. В народе пополз­ли слухи о том, что «моровая язва» — наказание за надругательство Никона над иконами. 2 августа 1654 г. произошло полное солнечное затмение, дав­шее новую пищу для толков. 25 августа 1654 г. мос­ковские посадские люди восстали против Никона и его нововведений. Положение правительства ослож­нялось тем, что сам царь в этот момент находился с войсками на театре русско-польской войны, а его семейство укрывалось от чумы в Макарьевом Калязинском монастыре. Однако в итоге власти сумели усмирить взбунтовавшийся посад.

Не довольствуясь поддержкой московского собора 1654 г., Никон обратился к константинопольскому патриарху Паисию, который одобрил его деятель­ность. В начале 1655 г. в Москву прибыл за «мило­стыней» другой восточный иерарх — антиохийский патриарх Макарий. Он всецело поддержал реформу Никона. В феврале 1655 г., опираясь на авторитет антиохийского патриарха, Никон вновь обрушился на иконы «фряжского письма». Он публично в Успен­ском соборе разбивал их о железные плиты пола, а обломки приказывал сжечь. Лишь после вмешатель­ства царя сожжение икон было заменено их захоро­нением: в народном сознании иконы воспринимались тогда как живые существа.

Тогда же Никон при полном одобрении Макария вновь потребовал перехода к «троеперстному» кре­стному знамению, угрожая ослушникам проклятием. В марте 1655 г. в Москве состоялся новый церковный собор, утвердивший русский перевод греческого цер­ковного Служебника и «троеперстие». В апреле — июне 1656 г. вновь заседал церковный собор, нало­живший проклятье и отлучение от церкви на всех, кто не признает    «троеперстия» и прочих новшеств.

Не зная греческого языка, Никон тем не менее во всеуслышание заявлял: «Хотя я русский и сын рус­ского, но вера моя и убеждения — греческие». Он пе­ренес в русскую церковь даже внешние отличия выс­шего греческого духовенства: покрой монашеского клобука и мантии.

Однако постепенно реформаторский пыл Никона угасал. Главным для него становилось его собствен­ное исключительное положение в государстве. Нико­на вдохновлял образ патриарха Филарета, обладав­шего не только церковной, но и высшей государственной властью.

В своих притязаниях на неограниченную власть Никон чувствовал за собой поддержку высшего ду­ховенства, которое было сильно раздражено мерами правительства, направленными на ограничение при­вилегий и доходов церкви. После «золотых времен» правления патриарха Филарета и его слабовольного сына царя Михаила особенно болезненно воспринимались решения земского собора 1649 г., внесенные в новый свод законов — Соборное уложение. Соглас­но уложению перешли в руки государства все город­ские «белые слободы» и дворы монастырей и епис­копских кафедр (всего около 3600 дворов); было ка­тегорически запрещено приобретение церковью новых земель; для суда над духовенством по гражданским делам создавался особый Монастырский приказ, пол­номочия которого постепенно расширялись.

Как и многие другие иерархи, Никон был недово­лен решениями собора 1649 г. Он считал, что его главная задача состоит в том, чтобы подчинить себе царя и бояр, остановить наступление государства на позиции церкви.