Компоненты целостной структуры могут также эволюционировать одновременно друг с другом. Любая из этих возможностей допускает эволюцию неснижаемо сложной системы, поскольку предпоследний шаг в ее развитии не обязательно начинается с состояния, в котором она лишена последнего, ключевого элемента. В начале этого шага система, к примеру, может содержать лишний элемент, который удаляется позже. Или же на последнем шаге могут добавиться сразу два элемента. Ни один из этих вариантов не противоречит определению «неснижаемой сложности» по Бихи.

К тому же «неработоспособность» — это довольно размытое понятие: часы без стрелок не могут показывать время, но их можно использовать в качестве часового механизма для детонации бомбы или прикрепить к ним шнурок и сделать отвес. В процессе эволюции органы и биохимические системы часто меняют свои функции — мы уже видели это на примере глаза. Предложить удовлетворительное определение «неснижаемой сложности», которая могла бы стать настоящим препятствием на пути эволюции, пока что не удалось никому.

Вот что пишет Кеннет Миллер в книге «Рассуждения о замысле»:  «Тот факт, что все больше людей воспринимают жгутик в качестве символа антиэволюционного движения глубоко ироничен, поскольку неснижамая сложность жгутика была опровергнута в ходе исследований вскоре после своего провозглашения». Удаление компонентов жгутика не  лишает его «работоспособности». Основание жгутика удивительно похоже на систему атаки, которую бактерии используют против других бактерий — «секреторную систему III типа». Опираясь на этот факт, можно предложить вполне разумный и правдоподобный способ эволюционного развития жгутика, каждый шаг которого сопровождается добавлением  белков. Удалив их снова, мы не получим работоспособный жгутик — зато получим работоспособную секреторную систему. Так что атакующий механизм вполне мог стать основой для эволюции двигательной системы бактерий.

В пользу сторонников разумного замысла нужно сказать, что они поддерживают подобные дискуссии, хотя и не признают собственного поражения, несмотря на шаткие основания их программы, которая разваливается на глазах. Креационисты, в отчаянной попытке добиться научного признания их политической программы, направленной на внедрение религии в государственных школах США, все еще не понимают, что так называемая «научная база» их теории практически трещит по швам. Теория разумного замысла сама по себе не связана с открытым выражением теистических взглядов, и на практике ее последователи всеми силами стараются воздерживаться от каких-либо выводов в отношении религии. Они хотят, чтобы их научные доводы воспринимались как наука. Но этим желаниям не суждено сбыться, поскольку теистические последствия их теории слишком очевидны — даже для атеистов.

Кое-что не силах объяснить даже эволюция — это хорошая новость для тех, кому кажется, что наука не может дать ответы на все вопросы.

Можно соглашаться с Дарвином и его последователями в том, что возраст Земли составляет 4,5 миллиарда лет, а жизнь возникла из неорганической материи, благодаря физико-химическим процессам — и все равно найти место для бога. Конечно, в такой сложной и богатой Вселенной все это может происходить и без божественного вмешательства. Однако, как тогда эта сложная и богатая Вселенная появилась на свет?

Так вот, современная космология предлагает ответы на вопросы «как?» (Большой Взрыв, а также несколько более поздних альтернативных теорий) и «когда?» (около 13 миллиардов лет назад), но не объясняет почему. Интересная попытка ответа на последний вопрос была предпринята в рамках теории струн, не так давно появившейся в арсенале передовой физики. Тем не менее, она оставляет за собой еще большее «почему», на сей раз без ответа: почему теория струн?  Наука изучает следствия физических правил («законов»), но она не объясняет, почему эти правила применимы в действительности, или как подобная система правил могла зародиться в нашем мире.