Фицрой был обеспокоен тем, что, командуя кораблем в одиночку, мог довести себя до самоубийства. Его опасения были вполне оправданными: предыдущий капитан Бигля , Прингл Стокс, застрелился во время нанесения на карту довольно сложного участка береговой линии Южной Америки. Мало того, дядя Фицроя перерезал себе горло, страдая от депрессии[12]. Поэтому капитан решил взять в путешествие собеседника, который не даст ему потерять рассудок. Именно эту должность он и предлагал Дарвину. Особенно хорошо она подходила человеку, питающему интерес к естественной истории; к тому же корабль был оснащен всем необходимым исследовательским оборудованием. Несмотря на более поздние слова самого Дарвина, официально он не был «корабельным натуралистом» — впоследствии это заявление стало причиной серьезного конфликта с корабельным хирургом Робертом МакКормиком, поскольку по традиции именно хирург в свободное от работы время выполнял обязанности натуралиста. Дарвина же капитан корабля нанял в качестве личного «собеседника».

Чарльз решил принять предложение, однако отец, которого уже предупредили сестры Чарльза, не дал своего согласия. Дарвин мог отправиться в путешествие и вопреки воле своего отца, но эта мысль была ему не по душе, поэтому он отправил во флот письмо с отказом. Но затем отец в несвойственной ему манере указал Чарльзу на одну лазейку — в нашей истории это первый пример события, которое подозрительно напоминает вмешательство волшебников. Он сказал, что разрешит Чарльзу отправиться в путешествие при условии, что за него вступится «некий человек с хорошей репутацией». И сам Чарльз, и его отец знали, о ком идет речь — о дяде Джозе (Веджвуде, внуке основателя гончарного завода). Джоз был предпринимателем, и доктор Дарвин доверял его суждениям. Поздним вечером Чарльз вместе со своим дядей написал подходящее письмо. Джоз сказал доктору Дарвину, что подобное путешествие пойдет молодому человеку на пользу. А затем хитро добавил, что так Дарвин сможет улучшить свои познания в области естественной истории, которые, несомненно, пригодятся в его будущей церковной карьере.

И тогда отец сменил гнев на милость (очко в пользу волшебников). Не помня себя от радости, Чарльз поспешил отправить во флот новое письмо, в котором выразил свое согласие. Однако Фицрой ответил ему, что место уже занято. Капитан отдал его своему другу. Дарвин все еще был главным претендентом — на случай, если друг Фицроя изменит свое решение.

Дарвин решил следовать запасному плану и отправился в Лондон, чтобы встретиться с Фицроем, если тот вдруг передумает. Там он узнал, что друг капитана отказался от поездки буквально пять минут назад. (Снова волшебники?) Его жена была против путешествия, которое по плану должно было занять три года. Был ли Дарвин все еще заинтересован в этой работе?

Не в силах подобрать слова, он кивнул.

От одного вида корабля у Дарвина сжалось сердце. Бигль  представлял собой гниющий 11-летний бриг, оснащенный десятью пушками. Чтобы придать кораблю приемлемые мореходные качества, его пришлось поставить на ремонт, который Фицрой частично оплачивал из собственных средств. Корабль был довольно тесным: всего лишь 90 футов (30 м) в длину и 24 фута (8 м) в ширину. Смог бы Дарвин сохранить дружеские отношения с капитаном в таком продолжительном путешествии и в стесненных условиях? К счастью, его разместили в одной из больших кают.

Цель Бигля  состояла в разведке южной оконечности Южной Америки — в частности, сложного островного участка вокруг Огненной Земли. В целях навигации Адмиралтейство снабдило корабль 11-ю хронометрами, поскольку путешествие Бигля  было первой попыткой кругосветного плавания с применением морских хронометров для определения долготы. Пять хронометров Фицрой одолжил, а затем лично купил еще шесть.