Серьезным достижением геологии, благодаря которому она превратилась в полноценную науку, стала открытая Чарльзом Лайелем концепция «глубокого времени», то есть идея о том, что возраст Земли значительно превосходит ашшеровские 6000 лет. Лайель утверждал, что камни, которые встречаются на поверхности Земли, являются результатом непрерывной последовательности физических, химических и биологических процессов. Измерив толщину каменных отложений и оценив скорость их формирования, Лайель пришел к выводу о том, что Земля возникла в чрезвычайно далеком прошлом.

Дарвин, который был страстно увлечен геологией, впитал идеи Лайеля, как губка. Но Чарльз, по правде говоря, был довольно-таки ленивым молодым человеком, и его отец об этом знал. Если верить цитате из биографии Дарвина, написанной Эдрианом Десмондом и Джеймсом Муром, знал он также и том, что

Разжиревшая, самодовольная и погрязшая в коррупции Англиканская церковь уже целое столетие утопала в роскоши, существуя за счет десятин и пожертвований. Востребованные приходы регулярно уходили с молотка тому, кто назначал самую высокую цену. Прекрасные «условия жизни» в сельской местности, просторный дом, несколько акров земли, которую можно было сдавать в аренду или использовать под ферму, и, возможно, амбар для хранения местных церковных сборов, приносящих по несколько сотен фунтов в год — джентльмен с достатком доктора Дарвина мог без проблем купить все это, чтобы затем передать в качестве капиталовложения своему сыну.

Во всяком случае, так планировалось.

И поначалу казалось, что план претворяется в жизнь. В 1828 году Чарльз поступил в Кембриджский университет, и одним холодным январским утром принес присягу, поклявшись соблюдать древние уставы и традиции университета, и «да поможет мне Господь и Его святое Евангелие». Вместе со своим двоюродным братом Уильямом Дарвином Фоксом, который поступил туда на год раньше, он был зачислен в колледж Христа на программу изучения теологии. (Перед этим Чарльз, решив пойти по стопам своего отца и деда, начал изучать медицину в Эдинбурге, но впоследствии разочаровался в этой профессии и бросил университет, так и не получив степень.) Став бакалавром искусств, он мог провести следующий год за преподаванием теологии, ожидая посвящения в духовный сан священника Англиканской церкви. Он мог стать младшим приходским священником, жениться и поселиться в сельской местности неподалеку от Шрусбери.

Его будущее было расписано заранее.

Вскоре после начала обучения в колледже Христа Чарльза якобы укусил жук. Неподдельный интерес к жукам вызвало упомянутое «Введение в энтомологию », благодаря которому чуть ли не половина британской нации проводила время в поисках новых видов среди лесов и живых изгородей. А так как по количеству видов жуки превосходили все остальное, перспективы таких поисков воспринимались вполне серьезно. Чарльз и его двоюродный брат тщательно обыскивали проселочные дороги Кембриджшира, накалывая свои находки на булавки и размещая их ровными рядами на больших листах картона. Новых видов жуков Дарвин так и не нашел, но зато поймал редкого немецкого жука, которого до этого момента в Англии видели только дважды.

Ближе к концу второго года над ним угрожающе нависли экзамены. Дарвин пренебрегал занятиями, посвящая слишком много времени жукам, а также молодой особе по имени Фэнни Оуэн. И теперь у него было всего лишь два месяца, чтобы наверстать два года обучения. В частности, сюда входили десять вопросов по книге «Факты в пользу христианства» («Evidences of Christianity»),  написанной тем самым Уильямом Пейли.